水利基本建设项目竣工决算审计暂行办法主要包括以下审计内容：
1. 竣工财务决算报表审计：审计"水利基本建设竣工项目概况表"、"财务决算表"等表格的编制真实性、完整性和合法性，以及竣工财务决算说明书的真实性和准确性。
2. 投资及概算执行情况审计：检查资金投入、实际投资完成额、概算审批及调整的合法性和真实性，以及超概算金额的原因分析和资金使用合规性。
3. 项目建设支出审计：核实建筑、设备、待摊和其他投资支出的合规性和效益性。
4. 交付使用资产审计：验证交付资产的真实性、手续完备性，无形资产和递延资产的计价依据。
5. 未完工程及所需资金审计：审查未完工程及资金需求的实际情况。
6. 项目建设收入审计：确认收入来源、分配、上缴的合法性。
7. 结余资金审计：检查银行存款、财政支付额度、库存物资和债权债务的真实性，以及投资包干节余的计算是否准确合法。
8. 工程和物资招投标执行情况审计：确认招标、合同履行、合同变更和违约责任追究等环节的合规性。