严谨的说就是影响不明，但怀疑在免疫系统和物质代谢方面有影响。另外，现在我们知道，大脑和睾丸中来自尼安德特人的等位基因被限制表达，这是个有趣的发现。智人与尼安德特人真的发生过有效的杂交吗？
2010年以前，虽然有古生物学家怀疑智人（我们），尤其是走出非洲的智人曾经与尼安德特人发生过杂交，但多数人认为，智人与尼安德特人之间即便真的有啥不可描述之事，但也很难生下有繁殖力的后代。
这桩史前人种杂交公案，一直悬而未决，直到有人发现了含有尼安德特人DNA的化石。在基因组测序的帮助下，基因组揭示出的确走出非洲的智人，即如今分布在亚洲、欧洲和美洲等大陆的人体内都含有尼安德特人的部分DNA，波动范围在1%~4%之间。
大约40万年前，原始人类至少分为两支，一支演化我尼安德特人，他们率先走出非洲，而继续停留在非洲的原始人类演化为智人，当智人走出非洲的时候，沿路就遇到了早已定居的尼安德特人，在这个过程中，两者发生了多次杂交。
这些杂交事件留在了我们这些走出非洲的后代子孙的基因组中，即我们这些人实际上有两个祖先来源，智人+尼安德特人。但由于现在未知的原因，尼安德特人最终在大约三万年前灭绝。
而人类在进行有性生殖时，常染色体和XX染色体彼此之间会进行片段的交换，形成新的基因组合，这个过程不断破坏旧的常染色体，生成新的常染色体。
就像棋牌类游戏每玩一局会重新洗牌一样。这就是为什么我们身上已经没有了完整的尼安德特人的常染色体，只有一些碎片的原因。
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