常州高新技术企业申报流程如下：
1、自我评价：企业自我评价是否符合高企认定条件，符合的按照相关规定准备材料；
2、网上申报：企业首先通过“江苏省科技计划管理信息平台”进入“高新技术企业辅助材料提交系统”进行注册登记，填写企业基本信息、知识产权明细等相关数据，相关部门进行有效性检验通过后，需要再登录“高新技术企业认定管理工作网”进行注册登记，填写信息。
3、准备材料并提交：企业需要在“高新技术企业认定管理工作网”生成打印《高新技术企业认定申请书》，由企业法定代表人签字、加盖企业公章，连同相关证明材料，原件扫描形成电子版申报材料，按顺序逐页编制总目录、分类目录和页码，逐项上传至“高新技术企业辅助材料提交系统”；同时需要将上述材料装订成纸质申报材料报送至所属地区科技部门。
4、地方汇总并审核：科技部门会同财政、税务部门对企业申报材料进行审核。
5、现场核查：各辖市区科技局根据企业申报批次疫情防控形势稳定情况，完成对各批次高企申报企业的现场核查。