法律分析：营业执照正本丢失的注销程序为提交文件、证件如下：
1、《企业注销登记申请书》，注销原因注明因未参加年检依法被吊销营业执照，申请办理注销登记。申请解除法定代表人×××的警示限制；
2、股东会决议或决定；
3、法定验资、审计机构出具清算审计报告。报告中应载明下列事项：
（1）债权、债务已清理完毕；
（2）各项税款、职工工资已经结清；
（3）已经发布注销公告；
4、清算组成员《备案确认通知书》；
5、《指定（委托）书》；
6、营业执照正、副本。特别提请注意：1、有分公司的公司申请注销登记时，还应当提交分公司的注销登记证明；2、建议在登记过程中不要更换被委托人。如被委托人发生变化，请重新提交《指定（委托）书》；3、如果委托有资格的登记注册代理机构办理，应提交加盖该代理机构公章的代理机构营业执照复印件、《指派函》、《委托书》、代理人员的资格证明及身份证明；4、注销文件需要股东盖章签字（法人股东盖公章，自然人股东本人签字）；法定代表人本人签字；董事会成员本人签字。
法律依据：《个体工商户登记管理办法》 第十六条 申请个体工商户注销登记，应当提交下列文件：
（一）申请人签署的个体工商户注销登记申请书；
（二）个体工商户营业执照正本及所有副本；
（三）国家工商行政管理总局规定提交的其他文件。
《公司登记管理条例》 第四十三条 公司申请注销登记，应当提交下列文件：
（一）公司清算组负责人签署的注销登记申请书；
（二）人民法院的破产裁定、解散裁判文书，公司依照《公司法》作出的决议或者决定，行政机关责令关闭或者公司被撤销的文件；
（三）股东会、股东大会、一人有限责任公司的股东、外商投资的公司董事会或者人民法院、公司批准机关备案、确认的清算报告；
（四）《企业法人营业执照》；
（五）法律、行政法规规定应当提交的其他文件。
国有独资公司申请注销登记，还应当提交国有资产监督管理机构的决定，其中，国务院确定的重要的国有独资公司，还应当提交本级人民政府的批准文件。
有分公司的公司申请注销登记，还应当提交分公司的注销登记证明。