济南市工商行政管理局直属机构包括多个部门，负责企业注册、公平交易监管、生产要素市场监管、消费者权益保护和合同管理等多个领域。企业注册局负责企业注册及证照管理，外资企业注册处和个体私营经济注册处则针对不同类型的经营单位进行指导和监督。公平交易局负责组织监督市场竞争行为，打击违法行为，设有经检一处、二处和综合处进行具体执法工作。
直属分局负责生产要素市场的监管，查处违法经营行为，如机动车辆交易验证和出租车管理，以及经纪人和经纪机构的登记和监督。济南市消费者协会致力于提高消费者权益保护意识，提供咨询服务，接受投诉并进行调解。企业合同管理协会负责合同法规的宣传和培训，促进企业依法订立和履行合同，维护行业信誉。广告协会则维护广告真实性，推动行业健康发展，培训广告专业人员，并开展国际交流。
个体劳动者协会支持个体工商户的自我教育和管理，提供法律咨询，帮助解决经营问题。私营企业协会则进行法制教育和职业道德教育，协助私营企业合法经营和提高经济效益。济南市工商行政管理学会则专注于工商行政管理理论研究和法规培训，为实践提供理论支持。
济南市工商行政管理局负责济南市市场监督管理和有关行政执法工作，主要职责是贯彻执行国家和省关于工商行政管理工作的方针、政策和法律法规，研究拟定本市工商行政管理工作的政策、措施和管理办法并组织实施；依法确认市场主体资格，进行商标管理、广告管理、经济合同管理，制止不正当竞争；承担依法规范和维护各类市场经营秩序的责任，组织监督流通领域商品质量、网络商品交易及有关服务行为，组织查处假冒伪劣等违法行为，保护经营者、消费者合法权益，打击传销、变相传销等经济违法行为，维护社会经济秩序和保护消费者合法权益等。