贲门瘤的病理改变主要分为大体分型和组织发生两部分。
大体分型主要包括四种类型:
组织学类型则以腺癌和粘液腺癌为主,分为高、低分化和弥漫型。早期贲门癌形态类似胃其他部位的早期癌,分为凹陷型、隆起型和隐伏型,各有其特点和分化程度。
关于贲门癌的组织发生,传统观点认为胃溃疡、息肉和萎缩性胃炎与胃癌有关,但近年来研究发现这些情况在贲门部癌变机会较小。目前更被接受的理论是贲门癌起源于贲门腺颈部干细胞,通过多方向分化形成腺癌。不典型增生是癌前病变,与溃疡、息肉和萎缩性胃炎等病理过程共同影响癌变过程。
在临床病理分期上,国际抗癌联盟UICC在1987年的胃癌TNM分期法对贲门癌进行了详细的划分。