行程单的主要作用是作为旅客购买国内航空运输电子客票的付款凭证，同时也是报销的重要依据。它的出现简化了乘机手续，旅客只需在机场值机柜台出示有效的身份证明，就能获得带有"ET"标识的登机牌，无需再携带纸质机票，只需凭登机牌和身份证件即可完成安全检查。
除了基本的付款和报销功能，行程单还起到了行程提示的作用。乘客购买电子客票后，只需携带身份证件和电子机票凭证，如短信或电子邮件，就能在机场柜台办理登机手续，领取登机牌，然后通过安检登机。
值得注意的是，行程单是一人一票，不可重复打印且遗失不补。乘客可以在航班起飞前或起飞后7天内，在指定地点领取，未使用的机票在一年内仍可打印。在退票、改签、航班延误或取消时，若已打印行程单，需先交回才能办理相关手续，部分航空公司对遗失的行程单可能不支持退票。如果乘客需要升舱，可以在机场航空公司柜台办理相应手续。
因此，建议乘客妥善保管行程单，一般情况下出行时无需随身携带，以防遗失。若需要报销，可在航班结束后7天内打印作为凭证。
行程单是民航电子客票的付款凭证和报销凭证，同时具有提醒行程作用。通过现代技术和信息化管理，民航电子客票可以实现订票、办理乘机手续和结算全过程无纸化、电子化。