黄龙自然保护区内植被类型异常复杂，基本上可以包括阔叶林、针叶林、灌丛、草甸及流石滩植被等各种类型。在河谷两旁或山凹的潮湿地段可以看到成片的落叶阔叶林，树种主要为桦木和杨柳等。
针阔混交林垂直分布于海拔2.4千米至3.2千米地带，保护区内的常绿针叶林分布非常广，组成树种以松树、云杉、冷杉及柏木为主。区内杜鹃、绣线菊和高山柳非常丰富，构成大面积的高山灌丛。
保护区内的亚高山落叶阔叶林属于寒温性针叶林，分布在海拔2.9千米至3.8千米，包括桦木林、杨柳林、沙棘林以及黄龙河谷落叶阔叶林。
桦木林包括糙皮桦林和白桦林。糙皮桦林主要分布在山凹土壤比较潮湿的地方，海拔在3.8千米以下，直达山谷边，呈块状分布。群落外貌呈绿色，林冠参差不齐，结构简单。
糙皮桦的树高可达近20米。乔木层中糙皮桦的优势很明显，只是在群落边缘多渗入一些槭树、紫果云杉、岷江冷杉等植物，它们高于糙皮桦，属伴生种。
白桦林在保护区内呈斑块状分布于海拔3千米至3.3千米的山凹中或其边缘的阴坡上。群落外貌呈暗绿或黄绿色，林冠较整齐，树高可达15米。
白桦林结构简单，除白桦为乔木层的建群树种外，还常有其他桦木、云杉、冷杉、松树与其伴生，林下植物组成与糙皮桦林相似。
杨柳林中的青杨，是亚高山针叶林和针阔混交林常见的树种，它具有速生、耐旱和种子容易传播的特性，对土壤的要求也不太严格。当亚高山针叶林和针阔混交林被砍伐后，青杨能迅速占领这些旷地而成林，所以它主要分于华山松、糙皮桦次生林下缘。
青杨林垂直分布海拔为2.9千米至3.2千米，呈块状分布。群落外貌呈浅绿色，林冠参差不齐。青杨为群落的建群树种，平均树高8米。糙皮桦、华山松、黄果冷杉能在不同海拔高度的青杨林中出现，成为青杨林的伴生树种。低海拔的青杨林中可见紫果云杉。
沙棘林主要分布在黄龙沟河谷两旁的山坡上，海拔在2.6千米至3.2千米，面积较大。群落外貌呈灰绿色，林冠整齐。沙棘为乔木层的建群树种，高约4米至6米。
在沙棘林中常伴生有多种柳，与沙棘几乎同高。沙棘林下灌木主要为蔷薇、枸杞子、珍珠梅、绣线菊和忍冬等。
川鄂柳、青榨槭和沙棘为共建种的河谷落叶阔叶林，主要分布在保护区内西沟、淘金沟的河谷两旁。由于水量充沛，土壤湿润，该群落结构复杂。
群落外貌呈黄绿色，林内光亮透明，树高均在4米至7米。林下灌丛植物主要有忍冬、胡枝子、金露梅及楤木等。林中有时夹杂着几棵山桃、杏、勾儿茶及野樱桃等。
松科植物在黄龙自然保护区的分布比较广，处于海拔3.2千米至4千米的山坡上，种类组成主要包括华山松、红杉等。华山松主要分布于额溪沟一带，既有次生林，也有原始林。
树种比较单一，群落外貌呈葱绿色，层次明显，结构简单。华山松树最高可达15米，树干挺直。
在低海拔的山凹处，由于土壤比较潮湿，便夹杂着少量的白桦、红桦、糙皮桦、山杨等阔叶树种。华山松的原始林分布海拔较高，林内明亮、透光，平均树高20米。
红杉林在保护区内下渡沟的局部山坡上分布，海拔为3.6千米至3.9千米。上限为小叶类杜鹃灌丛、高山栎类灌丛或高山草甸，下限为紫果云杉、冷杉。
与红杉林平行的山凹中，偶尔出现红桦、糙皮桦类阔叶林树种，有时红杉林中又伴生着冷杉、紫果云杉或华山松等针叶树种。
它的群落外貌呈翠绿色，结构简单，林内明亮，红杉高20米至30米，胸径可达0.4米。
林下灌木主要有高山绣线菊、黄背栎、糙皮桦、陇塞忍冬、西南花楸、散生枸子、峨眉蔷薇、淡黄杜鹃等。草木层植物丰富度一般，主要是羊茅、圆穗蓼、凤毛菊、苔藓和蕨类等。
云杉林在保护区内的分布比较广，处于海拔3.7千米至4.4千米的山坡上，种类组成主要包括紫果云杉等。紫果云杉林在保护区内的分布比较广泛，海拔3.6千米至4.1千米间均有分布，并成疏林或块状分布。群落外貌呈深绿色，林冠整齐。
林下草本层植物种类丰富，其常见植物种类有猪芽蓼、苔草、蒿草、粗齿冷水花、直梗高山唐松草、银莲花、碎米荠蕨类等。
冷杉林中的黄果冷杉林，是青藏高原东南边缘、横断山脉中南部高山峡谷区主要针叶林型。它在黄龙分布比较分散，一般出现在海拔3.7千米至4.1千米的山坡上。群落外貌呈绿色，林冠整齐，结构简单，层次明显。
乔木层混有少量的红杉、紫果云杉等。其草本层植物主要包括钉柱委陵菜、缘毛紫菀、金毛铁线莲、独叶草、大车前、毛子草、淡黄香青、车前、叶垂头、刺参、球花蒿等。
柏树林中的方枝柏林在黄龙自然保护区分布于海拔4千米至4.5千米的阳坡上，上限接高山桦树林，下缘接冷杉林或云杉林。群落外貌呈灰绿色，林木稀疏，乔木树种单一，结构简单。
方枝柏平均高为10米左右。林中渗入少量香柏，呈灌丛状分布。林下灌丛，主要是大白杜鹃，平均高达三米，也有少量忍冬、花楸、绣线菊及小檗类植物等。
其草本层植物种类丰富，除了禾草和莎草外，还有较多的委陵菜、毛茛、凤毛菊、草莓、鸢尾、蓼、苔藓等。