就像怀孕生孩子，受精之后，十月怀胎就像加工修饰的过程。但没有受精，什么都没用。
没出生前的胎儿也可以称为人，但又不是标准意义上的人。
多肽链的合成就像受精，这是最初的开始，没有核糖体合成多肽链就没有蛋白质，所以可以说核糖体是生产蛋白质的机器。
没成为有功能的蛋白质之前的几级结构各有称呼，但终究是蛋白质前体，已经习惯称之为蛋白质。初高中如此，大学很多亦是如此。
有些定义本来就没有必要那么严格，何况都是人为定义的，何必非要纠结于此，倒不如做些其他的了。
当然，非要说多肽链就是多肽链，蛋白质就是蛋白质，教材就是有问题，那也是可以的，毕竟每个人理解不一样。
有时候大家口中所提到的“蛋白”或“肽链”不是很准确，所以要看具体的语境。蛋白质主要有三种，胞质蛋白、膜蛋白和分泌蛋白。而内质网（endoplasmic reticulum，ER）也分为光面内质网（无核糖体附着）和粗面内质网（有核糖体附着）两种。反过来，核糖体就也有附着在内置网上的和不附着在内质网上的两种。大体上讲，膜蛋白和分泌蛋白翻译时需要在粗面内质网上的核糖体合成，并在ER膜上进行共翻译转运，生成的肽链会发生糖基化（N-连接糖基化），在分子伴侣的帮助下帮助其折叠；同时内质网的非还原性环境极易导致二硫键的形成，这时就需要二硫键异构酶（protein disulfide isomerase，PDI）切断不必要的二硫键。另外还有一些其他的修饰。完成ER的修饰过程之后的肽链就会被 COPII（coat protein II）包被囊泡导向高尔基体，在高尔基体还有进一步的糖基化；或者，肽链并不在ER发生N-连接糖基化而是在高尔基体发生另一种糖基化（O-连接糖基化）过程。这之后成熟的蛋白就形成了，可以被送到该去的地方（细胞膜上、细胞器膜上或分泌出去）去愉快地行使功能了。
首先我们来看看两个概念：
1.肽链：由氨基酸通过肽键连接形成的链状化合物，称肽链；由两个氨基酸缩合形成的称二肽，具有三个、四个氨基酸残基的分别称为三肽，四肽。超过12个而不多于20个氨基酸残基的称寡肽，含20个以上的称为多肽；蛋白质就是含几十个到几百个，甚至几千个氨基酸的多肽链；
2.蛋白质：蛋白质由长度不等、序列各异的氨基酸序列构成。蛋白质结构可分为一级、二级、超二级结构、结构域、三级和四级结构：蛋白质一级结构：指多肽链中的氨基酸序列，氨基酸序列的多样性决定了蛋白质空间结构和功能的多样性；蛋白质二级结构：指多肽主链有一定周期性的，由氢键维持的局部空间结构；超二级结构：指若干相邻的二级结构中的构象单元彼此相互作用形成有规则的，在空间上能够辨认的二级结构组合体；结构域：指多肽链在超二级结构基础上进一步盘绕折叠成的近似球状的紧密结构；蛋白质三级结构：三级结构指多肽链上包括主链和侧链在内的所有原子在三维空间内的分布。
最后，这个关键的“折叠”步骤发生在哪里呢？一般来说，有的蛋白质在翻译的过程中就开始折叠（如大多数进入ER的蛋白质），当翻译完成的时候蛋白质其实已经基本完成了折叠，也就是说肽链离开核糖体的时候已经基本完成折叠，可以被称为蛋白质了。而也有一部分蛋白，是在完全翻译完成之后再折叠的，那么此时离开核糖体的就是并不成熟的蛋白质了。简单来说，这个说法是没有问题的，但如果要深究的话就比较复杂了。核糖体是生产蛋白质的机器，但并不是唯一参与者，它只负责其中一部分（虽然说是最重要的一部分）。
