水产品运输时对贮运环境要求较高，应避免二次污染，需注意：1、所有的设备、器具和材料应定期或根据需要进行清洁和消毒，并采取冷链储运的方式。2、鲜活水产品储运期间，应定期检查温度、溶解氧等指标，及时剔除患病及死亡个体。3、保鲜用海水应避免使用藻类浓度高的海水，并采取监测和净化海藻毒素的措施。4、禁止在储运过程中进行投喂。投喂会迅速污染运输箱中的水。5、禁止在运输过程中为了提高存活率而非法添加违禁药物、保鲜剂、麻醉剂等，危害水产品质量。
活体水产品的运输主要有以下几种方式：一是密闭式运输，通常工具是尼龙袋，先把活鱼活虾消毒，装入配备好水的袋中，挤掉袋中的空气，并灌入适量氧气，用橡皮圈束紧袋口，可直接运输，也可以将尼龙袋放入盛有水的大容器中，往水中加冰，可以起到防震、保持袋内水质等作用。二是无水湿法运输，如鳗鱼、泥鳅、乌龟、黄鳝等，在运输过程中无需完全浸泡在水中，只需要保持湿润即可，可用水草裹住鱼体或对鱼体淋水等方法保持一个潮湿环境。
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