吏部下设文选、验封、稽勋、考功四个清吏司，边疆少数民族地区的文职土司封授、承袭时要由验封司核查是否符合规定，再由文选司拟定、注册。兵部下设武选、职方、车驾、武库四清吏司，掌管边疆少数民族地区武职土司和都司卫所事务，包括土司的朝贡、官军和士兵的征调以及边疆的守卫等。鸿胪寺下设主簿厅、司仪署、司宾署，负责边疆少数民族首领、使者来京后的各种礼仪，特别是皇帝召见以前要由司宾教给他们跪拜的仪式、礼节，进行多次演习，召见时要由鸿胪寺官员导引、奏报。四夷馆主要负责与边疆民族有关的翻译事务，该馆最初隶属于翰林院，从国子监中选取学生学习翻译，以后又从官民子弟中选取学生，并改隶属于太常寺。行人司负责招抚、宣谕边疆少数民族首领，奉皇帝之命派遣行人出使、招谕。该司设立于1380年(明洪武十三年)，设有司正、左右司副、行人等官员，太祖朱元璋时期仅行人就曾多达345人，多由孝廉担任，以后定行人司官吏为40人，全部由进士出任；建文年间(1399～1402)该司一度被撤销，成祖时期(1403～1424)又恢复。此外，明朝中央机构中还有一些负责管理边疆民族事务，如僧箓司、僧纲司负责边疆少数民族地区的宗教事务(西藏地区佛教各派领袖被明朝授予多种封号，均由僧箓司代表中央授予敕书、印信)；五军都督府掌管边疆地区都司卫所。