鸟类的祖先是兽脚类恐龙.
20世纪70年代初，
耶鲁大学的古生物学家约翰·奥斯罗姆重新审视了这一概念后指出，
始祖鸟与兽脚类恐龙之间也有着相似性。奥斯罗姆说，其实，恐龙并没有灭绝，而是以羽毛的形式生存着，如燕子、鹰、蜂鸟和喜鹊。但是，从陆栖恐龙到始祖鸟到燕子，这并不能说是一种直接的血统。奥斯罗姆说，“我们还没有证据支持任何直接直系的血统。化石记录中的空隙太多。我们所从事的工作是将散失的时间和空间点联系起来。”
但是，这种假说却遭到了一部分鸟类学家的反对。他们认为，鸟类与恐龙相像并不是因为关系密切，而是因为生活在相同的小生态环境中，以相同的方法行动所致。这种相同特性或趋同的不同发展，在生物历史中是常见的现象，这也就是生物学上所称的同功现象。不妨看一下蝙蝠和蝴蝶的翅膀：两者都是扑翅飞行的，但是由不同的身体部位而升空的，并没有迹象表明它们是共同的祖先。
1994年，在
北票市的一个小山村发现了一块鸟类化石，当中国科学院鸟类化石专家侯连海先生看到这块化石时，立即被它那种与始祖鸟十分相像的图形所震惊，图形大小如喜鹊，长有与始祖鸟一样的翅膀、长指状物和弯曲的爪子。在始祖鸟长有完整牙齿的嘴的地方，却有着角质的无齿鸟嘴。这种鸟几乎与始祖鸟一样古老，且已具备了现代的颚。侯先生将此鸟命名为“
孔子鸟”，意即“祭祀孔子的鸟”。
孔子鸟是目前我们所知道的能够进行远程飞行的最早鸟类，它的翅膀几乎与始祖鸟一样原始，但已有了一些诸如轻盈的骨头、较短的尾巴等现代鸟类的特征。
1996年，在北票市上园乡的一个小山村四合屯，当地农民在挖掘孔子鸟化石时发现了四块长毛的小型肉食
恐龙化石。这是世界上第一次被发现的长毛恐龙的化石，因而被誉为“中华鸟龙”。它的发现对鸟类起源于恐龙的假说提供了有力的支持，直接支持了鸟类由小型的食肉的栖地性恐龙进化而成的理论。
无独有偶，1996年6月，在
巴塔哥尼亚荒芜地带，人们发现了距今约0．9亿年前的恐龙的部分残骸。令人惊异的是，这是一种具有鸟类翅膀的两腿恐龙的部分残骸。它能像鸟折叠起自己翅膀、折叠前臂，能像鸟一样活动肩膀关节，并能抬起前臂向下扑翅飞行。
在四合屯发现的化石中，有一种很特别的动物。这种动物像始祖鸟，但更原始、更大，腿更壮实。中国地质博物馆馆长季强给它起了一个名字：原始祖鸟龙。原始祖鸟龙的羽毛是对称性的，与始祖鸟不同，这说明这种动物不能飞行。在相同的地区，还发现了另一种不能
飞行的动物———尾羽鸟龙。尾羽鸟龙有很独特的牙齿、尾巴羽毛和从第二指中长出来的长长的、对称性的羽毛。
尾羽鸟龙看上去像鸡，头盖骨很大，牙齿像针一样尖锐，一双前臂短而健壮，多骨的尾巴几乎要比身体长一倍。动物化石保存完好。不但能看到残骸的细节，而且能看到一般化石所无法记录的柔软的组织和其他身体部位。从颈项到尾巴的后背上，有薄薄的、深色的纤维 状皱纹的背脊。尾羽鸟龙的颈项上长满了细小的纤维，犁沟似地布满了长长的后背和尾巴，这说明它不是一种普通的小恐龙。