近年来承担国家863项目、国家自然科学基金和省部级等多项重点科研项目，取得了丰硕的科研成果, 主要承担了国家自然科学基金项目5项、“863”项目4项、 国家博士点基金3项、 国家教委青年骨干基金项目1项、 国防基础研究项目5项、总装和海军“十五”预研项目5项，黑龙江省科技攻关项目6项，哈尔滨市科技攻关项目4项，省自然科学基金8项，学校基础科研基金12项，目前在研的项目90项，科研经费累计为3101.9万元。并获国防科技进步一等奖1项，黑龙江省科技进步一等奖1项，北京市科技进步二等奖1项，黑龙江科技进步三等奖3项。在国内外学术刊物及学术会议上发表论文400余篇，出版学术专著32部。机电工程学院115名教师中有70余名参加了校级以上科研项目；近三年全院共发表教学科研论文300余篇，其中进入三大检索80余篇；省优秀教学成果二等奖1项,省教育厅一等奖、三等奖各一项，北京市科技二等奖一项。黑龙江科技三等奖一项，专利授权20项。机电工程学院具有配套的实验设备和先进的测试手段，其中先进制造技术实验室是国家CAD培训网络的培训基地。在学校“211工程”建设中，有两个学科方向得到了国家重点建设的支持。
学院近年来在师资队伍建设和人才培养方面成绩显著，已形成了一支业务水平高、科研素质好、专业配套齐全、工程实践经验丰富、人员梯队年龄结构合理以及比较稳定的研究队伍，还锻炼了一批以博士为主的思想活跃、科研能力强、具有创新精神的年轻科研骨干。他们站在学科专业的研究前沿，具有很强的应用基础研究、综合和创新能力。每个研究方向都有由学科带头人、后备的学科带头人、研究助手及实验技术人员组成的学术梯队。学科专业学氛围好，工作作风严谨，能够发挥群体优势和开展大难度高水平研究工作。
近年在舰船武器、机械强度与设计、水下作业技术、特种机器人技术、现代集成制造技术、导弹与飞行器控制等军品研究中取得了丰硕成果，在机械、电子、自动控制等民用领域也取得了显著成绩。已经形成了具有承担机械工程领域重大应用基础研究、新概念和新技术创新、国防预先研究和重点型号研制中关键技术攻关等能力。
