这个问题实际上存在于是新版之间的冲突，但在老的版本中穆念慈不是杨过的生母。而秦南琴才是，想当初杨过的父亲杨康所糟蹋的人是秦南琴，若不是后来她发现自己怀孕了，可能早就自杀了。秦南琴并不爱杨康，反而很恨他，因此也没有和杨过说起过杨康，就连亲生父亲都不愿意提，更不用说杨康的情人穆念慈了。
新版中，穆念慈深受杨铁心的影响，始终希望杨康能够像亲生父亲一样重视爱和国义。有家庭与国家的感情，她也想改变杨康，希望杨康在遭受挫折后会迷途知返。不幸的是杨康的富贵梦越来越深导致自己无法自拔。所以在一次又一次地看穿了杨康之后，她选择了静静地离开了。虽然她深爱着杨康，但她并不想放弃自己的尊严和荣誉。
在新版中，穆念慈并没有因病去世，而是在铁枪庙中用杨铁心的铁枪进行自杀。杨康死后，穆念慈只拜访过他一次。因为太湖长兴和嘉兴的铁枪寺之间并没有太远的距离，在数十年来，穆念慈仍然不能接受杨康的死讯也不愿意相信这个事实。在新版本中秦南琴有了杨康的孩子，但她在和毒蛇搏斗而中毒。
临死之前他把还是婴儿时期的杨过交给了郭靖和黄蓉。穆念慈对金庸来说太可怜了，他想进一步提升黄蓉作为第一个女人的地位。金庸在新版中删除了秦南琴，并将杨过的生母改为穆念慈。因此很难处理另一本书《神雕侠侣》。读过神雕侠侣的朋友都知道杨过只是在乎他的父亲杨康，并对他的亲生母亲穆时珍只字不提。
这有两个原因：第一，时间问题。第二，杨过的亲生母亲不是穆念慈。所以杨过成名以后，只给他的亲生父亲杨康立了碑。
1.杨过成名前的经历
在三联这个版本里，杨过的生母根本没有出现，只写了杨过从小就没有父亲，母亲穆念慈在11岁时因病去世。 穆念慈在他去世时，告诉他杨康在铁枪神庙中死去并让他倒出杨康的尸体去嘉兴。在埋葬杨过母亲后，他就在嘉兴到太湖一侧的长兴到嘉兴的距离内查询母亲死亡的原因。 在嘉兴中的小窑里偷鸡摸狗， 杨过虽然年轻，但天生自大，不会想去桃花岛吃东西。
2.杨过的父亲
杨过成名以后，他想起他母亲穆念慈对他的话，所以他在一次巧合下，来到了嘉兴的附近， 想起了自己的父亲，于是就去那里看看并吊唁他的父亲。可是杨过竟然在杨康的墓碑上发现了“不肖弟子”这四个字，杨康本来就是犯下了许多罪孽，害死了许多的人。但是杨过并不知道这一事实，他觉得非常的愤怒。后来有一次偷听，听到有人议论杨康，言语不堪。杨过气不过就出现在柯镇恶眼前，可是柯镇恶是一个非常正直的人，把就杨康做过的一切告诉了杨过，杨过后来走得匆忙，所以杨康的墓碑是杨过拜托柯镇恶立的。
3.杨过的生母
由于当时杨过走得匆忙，连杨康的墓碑都是拜托别人的，所以时间上根本来不及想到母亲穆念慈。但是还有一种特别重要的原因，那就是在原著里，杨过的生母压根就不是穆念慈，而是秦南琴，所以杨过想不起来立穆念慈的墓碑也是非常正常的事情。
不论如何，杨过都不是对亲人不管不顾的人，不给穆念慈立墓碑也只是因为责任重大，根本无暇顾及本来就不是他亲生母亲的穆念慈。
杨过在成为神雕大侠后，回去嘉兴王铁枪庙给杨康立碑，却为何只字不提同样葬在庙外的他母亲穆念慈? 穆念慈当年病逝之后，是小时候的杨过依照她的嘱托亲手埋葬在王铁枪庙外，如今多年未回，为何连基本的祭拜缅怀追思之举都没有? 是作者遗漏了吗? 还是如此行文另有意图?
这个问题其实是新旧两个版本冲突，在旧版中，杨过的生母不是穆念慈，而是秦南琴。当初杨过的父亲杨康在铁掌峰糟蹋的人是捕蛇女秦南琴，要不是有孕在身，没准早就自杀了。秦南琴对杨康没有爱，有的只是恨，所以从未对杨过提及杨康，生父都很少提及，更不用说杨康的情人穆念慈。也就是说那个时候的杨过根本不认穆念慈，更不用说什么祭拜了。
在旧的版本中，穆念慈并不是病死的，而是在铁枪庙用杨铁心的铁枪自杀。秦南琴是个捕蛇少女，从小和父亲相依为命。郭靖救了秦南琴父亲的命，郭靖又是她见得第一个青年男子，秦南琴很快对郭靖芳心暗许（喜欢靖哥哥的人还真不少，华筝，黄蓉，还有个秦南琴）。
后来秦南琴失身与杨康，有了身孕，又在和毒蛇搏斗中中毒，临死之前把还是婴儿的杨过交给了郭靖黄蓉。
也许是金庸太过可怜穆念慈这个人了吧，也许是想要进一步提升黄蓉作为第一女主的地位，金庸在三联版中，将秦南琴删去，把杨过生母改成了穆念慈。
这样一来，就很难照顾到另一本书《神雕侠侣》。读过神雕侠侣的朋友一定记得，杨过心心念念放不下的是自己父亲杨康，对自己的生母穆念慈总是只字不提。
同理可知，杨过为什么成名之后回到嘉兴铁枪庙给自己的父亲立碑，而对葬在庙外的穆念慈只字不提。
杨过成名后回铁枪庙给杨康立碑，为何对葬在庙外的穆念慈不管不顾？
在回答这个问题之前，我还是先来跟大家简单介绍一下这几位大名鼎鼎的主人翁吧。
在金庸大师的武侠小说《射雕英雄传》和《神雕侠侣》中，杨康与穆念慈在一次比武招亲中相识，几经辗转后，穆念慈在铁掌峰失身于杨康，不久后产下一子——杨过。
杨康最后因作恶多端而在铁枪庙意外中毒身亡，穆念慈独自抚养杨过致最终因染病而逝世。
那杨过杨大侠成名后，已经回铁枪庙给他作恶多端的生父杨康立碑了，竟然对孤苦无依、染病去世的生母穆念慈不管不顾？这到底是人性的扭曲还是道德的沦丧？让我们来一探究竟。
首先，我们来了解一下杨过是个什么样的人物。杨过，名过，字改之，为的是避免重蹈生父杨康的覆辙。年轻时的他，经常意气用事且离经叛道，并坚信生父杨康是位英雄好汉。同时，他又是个至情至性、率真而为的人。
接着，我们说一下从古至今血浓于水的亲情观，其实这也无需多言，你去看看武侠片中经常会出现的“为父报仇”、“为母报仇”的桥段就可以了。而《神雕侠侣》中为父立碑时的杨过，已经历经劫难、功成名就，早已不是小说一出场时的毛头小子了。
杨过在解救完襄阳城后路过铁枪庙，从柯镇恶口中得知自己先父杨康的恶行，纵然大体证明了自己原先的猜测，但是重情重义的杨过又怕先父杨康的尸骸没有被安葬，所以会在铁枪庙为先父杨康立碑。
看到这，有的网友说，杨过杨大侠不仅正义而且孝顺；也有人说，这其实是杨过认贼作父的一种表现；又有的人说，这其实是杨过为了自己的面子、为了自己后世的名声而立的碑！这些观点看似都挺有道理的，但真的是这样么？
如果这都是真的，那么穆念慈不也是杨过生母么？为什么就对善良孤苦的她不管不顾呢？这差别对待也太明显了吧。难道其中另有“引擎”（隐情）？
其实啊，《射雕英雄传》和《神雕侠侣》两本原著已有交代，穆念慈因一场比武招亲与杨康相识、相恋，但又看不惯杨康的卖国求荣与作恶多端，所以她自己就变成了一个矛盾体！
在杨康死后，穆念慈仍坚持生下遗腹子，并将其抚养长大直至自己撑不住病逝了，而她病逝前的遗愿是，让杨过将自己葬在铁枪庙外，不与杨康合葬，并且坚持不让杨过立碑！
看到这里，我不禁拍案而起，那些说杨过没有人性、没有道德的人哪去了？这口黑锅过儿不背！但是，为什么穆念慈要立这样的遗嘱呢？其实，她就只是“爱得那么深，爱得那么认真！”（BGM：认真的雪？！）
从比武招亲开始，她就认定了杨康，看杨康的人生路跑偏了也是苦心劝说；在杨康死后，为其生下遗腹子并抚养成人；在自己死后，仍然坚持要在铁枪庙外守护杨康；但有一点，她的三观和正气不允许自己与遗臭万年的杨康合葬！
她只想默默地爱着、守护着曾经那个风度翩翩、英俊潇洒的少年郎！
所以，不是杨过杨大侠对葬在庙外的穆念慈不管不顾，而是他充分尊重自己生母穆念慈的遗愿！穆念慈之所以这么做，其实也只是想守护那段自己年少时义无反顾、刻骨铭心的爱情！
身为新一代的年轻人，在当今快餐爱情盛行、离婚率日益增长的时代，当遇到对的人的时候，你们是不是也能够真正为了心爱的人真心付出、把握和珍惜眼前的爱人呢？
其实当时穆念慈并不是杨过的亲生母亲。因为我们现在看到的小说版本是后来改编的版本。最初的版本里面，穆念慈并非是杨过的亲生母亲。因为最初的版本里面，杨过的亲生母亲叫做秦南琴，但是这个女子和杨康之间并没有任何的暧昧关系。不过后来杨康贪图这个女子的美色，才将这个女子给糟蹋了。而且这个女子从刚开始的时候，喜欢的是郭靖而不是杨康。
后来这个女子并没有选择自杀，因为这个女子发现自己已经怀有身孕，所以为了这个孩子，秦南琴才会选择生下了杨过，所以说杨过不管埋葬庙外的穆念慈。因为穆念慈并非杨过的亲生母亲。所以杨过也没有理由再管穆念慈的死活。而且在最初版本里面，穆念慈是杨康的情人。所以杨过对于自己的父亲还有穆念慈都有着非常多的仇恨。
不过后来由于金庸老先生的改变使得秦南琴这样一个重要的角色被删除。所以也使得小说里面有一些事情解释不通，但是如果看过最早的版本，其实里面有很多的细节都能够解释的通。当然我们不知道金庸老先生是出于对于穆念慈的怜爱还是别的原因，把秦南琴的角色给删除掉。然而这样的改变也使得穆念慈获得了很多人的好感。
可以说杨过早年间其实是非常不幸的，因为自己的父亲是一个坏人，而且小的时候也受到其他人的嘲讽。不过后来杨过也有了一番奇遇。不过这也使得杨过失去了自己的一条手臂。