情况如下：
一，单位级别
深圳出入境边防检查总站和深圳海关均为正局级。
二，收入
两个单位试用期结束转正后收入均为二十多万，边防总站是警察编制，工资里有警衔补贴、加班费之类的项目，高过海关。
三，公务员体检难度
边防总站是警察编制，适用人民警察体检标准，还要测体能，男1000米女800米等等，要求较高。海关是普通公务员，适用《公务员体检通用标准》，不测体能，难度低。
四，报考比例
报考比例是深圳海关较高，极个别岗位会超过上千比一，报考竞争激烈程度应该高于边检，不是高手的话可以绕行。详见网络新闻《2020国考报名人数接近110万，仍有岗位无人报考，深圳海关人最多》 可自行百度一下激烈程度。
五，工作地点
深圳出入境边防检查总站工作地点在深圳，可以稳稳当当地当个一线城市居民，深圳海关辖区包括深圳、惠州两个城市，所以有一定概率会交流到惠州，考入深圳海关不一定在深圳工作，做好上山下乡的心理准备。
六，职业发展
深圳海关大概有1万人左右，人数远远超过深圳出入境边防检查总站。2020深圳海关招录人数大概是深圳出入境边防检查总站的4倍，公开资料网上可查。
体制内的人都明白，同样机构规格的情况下，人数越多，发展空间越小，就像河南省1亿人，某部委100人，都是正省级，没有意外的话，河南省的公务员大概率是副科级退休，而部委的公务员大概率是副局级退休。所以深圳海关与深圳出入境边防检查总站比起来发展难度要大很多。
七，管理严格程度
深圳出入境边防检查总站于1998年由武警转为人民警察，目前和深圳海关一样，都是公务员，深圳边防保留着一些军事化管理作风，管理更为严格一些。
八，社会影响
海关一直是口岸各联合检查单位中的老大，所以深圳海关在深圳口岸、深圳市的影响力大一些。不过深圳出入境边防检查总站背后是省厅、市局，有警察身份办事方便一些，举个例子，开车不小心违章了，情节轻微的，交警拦车一看，随驾照递过来的还有警官证，可能敬个礼就放行了。
九，工作内容
大致上是海关管物，包括动植物，也管人，因为物都是人在办理进出口。边检只管人，包括中国人外国人。
海关工作内容复杂一些。
深圳海关主要职责：关税监管统计稽查动植食卫商检，还有各种保税区、加工区，保税仓库之类的，依法对经深圳口岸和惠州口岸进出境的货物、运输车辆、行李邮递物品进行监管；征收关税和其它法定由海关征收的税费；查缉走私；开展出入境检验检疫；编制贸易统计并办理其他海关业务。
深圳出入境边防检查总站工作内容相对简单，负责出入境管理、口岸证件查验和边民往来管理，负责外国人停留居留和永久居留管理、难民管理、国籍管理，牵头协调“三非”外国人治理和非法移民遣返，负责中国公民因私出入国（境）服务管理，承担移民领域国际合作等。