肥料是决定玉米产量的一个重要因素，是补种改种玉米增产的关键技术因素。施肥量、方法、施用时间关系到充分发挥肥效，避免有效养分的流失和浪费。据研究，补种改种晚夏玉米施肥的基本原则是：有机无机配搭，底肥、追肥并重；氮、磷、钾为主，微肥为辅；攻秆肥为主，攻穗肥为辅。应广开肥源，积极利用农家肥，提倡无机肥与有机肥配合施用。根据玉米生长发育各阶段对肥料吸收利用的规律，结合当地土壤肥力状况，实行配方施肥，是夺取补种改种玉米高产的重要措施。具体措施如下：
（1）玉米高产的需肥量和施肥量 玉米对氮、磷、钾的需求数量和比例，与土壤能供给的数量和比例存在着供需不平衡的矛盾，在生产中主要是通过合理施肥进行调节，做到供需平衡，以促进玉米的生长发育。
玉米的施肥量，在一定范围内随着玉米产量要求的提高而增加。主要应根据玉米品种的需肥状况、土壤供肥能力、肥料种类、性质、成分以及雨量、温度变化等因素，考虑当地肥料利用率，并结合群众的生产经验来确定。一般可按下列公式计算施肥量：
据研究，每形成100千克籽粒需要氮2.4千克、磷（P2O5）0.96千克、钾（K2O）2.1千克，还需补充一定的锌。玉米苗期对磷肥特别敏感，拔节前后对钾肥敏感，抽雄前对氮肥敏感。从吸收强度分析，玉米氮磷吸收的最大强度时期，出现在小喇叭口至抽雄，即雄穗小花分化—雌穗小花分化的性器官形成期。夏玉米前期吸收氮素80%～90%，后期吸收10%～20%；钾吸收的最大时期，出现在大喇叭口至抽雄期。根据这一特点，对氮肥的施用，夏玉米则应重视底肥与苗肥，早施穗肥，以40%、30%、30%施用，有利于提高肥料利用效率。
（2）施肥技术 灾区以紫色土和黄壤为主，土壤养分含量的总趋势是普遍缺氮和磷，大部分土壤缺钾和微量元素。据研究，当土壤中速效养分含量中的碱解氮低于20毫克/千克，速效磷低于10毫克/千克，速效钾低于50毫克/千克时，玉米生长发育将受到严重影响，增施氮磷钾肥料，有显著的增产效果。补种改种玉米以一底二追、肥水耦合的施肥技术较为经济高效。施肥技术如下：
施足底肥：底肥应迟、速并重，以磷促根，以肥调水。据四川农业大学研究，玉米幼苗在1叶后，外源养分的加入缩短了出叶间隔时间，提高了幼苗相对生长率，3、4叶时外源养分的供给显著地增加了株高，3叶以后，施氮对叶面积的增加有显著的影响，玉米幼苗离乳期（开始完全依赖外源养分）的叶龄为4.1～4.7叶。说明底肥对促进幼苗生长具有重要作用。补种改种玉米底肥应占到总施肥量的40%左右，一般窝施作种肥用。山区有将厩肥或堆肥撒施耕翻在地中作基肥，留少部分作种肥的习惯，在有机肥较多的地方是可行的。有机肥少的地方，则应大力提倡有机肥堆沤腐熟后作种肥施用。底肥施用的数量一般是：每亩用腐熟干粪500千克左右，过磷酸钙25千克，氯化钾12千克左右，尿素7～8千克，增施硫酸锌1千克左右，人畜粪水500～800千克，于播种时作种肥施用。未堆沤的过磷酸钙应同其他化肥一道冲入水粪中对水灌窝，避免烧芽烧根，影响出苗。氮素化肥不宜过多，过多会妨碍直播玉米的种子发芽，造成出苗迟缓，缺苗断垄，根系发育不良，影响后期籽粒形成，导致减产。水稻改种玉米田以磷肥作种肥，不仅能促进玉米根系生长，使幼苗健壮，而且还能促进雄、雌穗分化。
早追苗肥：苗肥在于促根壮苗，奠定良好的生育基础。玉米出苗后直到拔节以前，幼苗主要由根、叶组成，茎秆还没有伸长，第1～6节叶是新器官形成的营养制造和供给的来源，根系是这个阶段的生长中心。保持叶片的完整和深绿色，促进根系发达是培育壮苗的关键。补种改种玉米苗期生长快，在直播定苗后及时追施苗肥。施肥时做到：偏施小苗赶大苗、促弱苗变壮苗，促进幼苗生长，力争达到“三叶全、五叶齐、七叶壮”的长相指标，为中后期的正常生长发育奠定良好基础。施肥量应占总用量的30%左右。遇干旱时应增施1～2次淡清粪水，以保苗为主。苗肥一般每亩用人畜粪水500千克左右，尿素5.4～6千克对水施用。
巧施穗肥：穗肥是指玉米雄穗抽出前的施肥。玉米进入大喇叭口期，雄穗性器官开始形成，生长量显著增大，雌穗小穗分化，紧接着进入小花分期，此期植株需水肥量最多，是决定果穗大小、粒行数多少、行列整齐度、行粒数多少的关键时期，此时对水肥特别敏感，通常称水肥临界期。巧施穗肥，满足玉米植株生长发育对肥水的需要，才能获得较大的增产效果。这次追肥以氮肥为主，施用量占总施肥量的30%，每亩用尿素5.4～6千克。关键是施肥时间，可按叶龄法计算，在全展叶12～13片，可见叶16～18片，见展叶差为4.5～5.0时施用。