红曲是对微生物发酵后变成紫红色稻米饭的称谓。李时珍说：“造红曲者，以白米饭受湿热郁蒸变而为红，即成真色，久亦不渝———此乃人窥造化之巧者也。故红曲有治脾胃营血之功。”
红曲的发明大约在唐代。唐以后的五代人陶谷《清异录》中，已有“红曲煮肉”之记载。北魏时成书的《洛阳伽蓝记》亦有“红酒”之称。至宋代，诗人苏东坡更有“剩与故人寻土物，腊糟红曲寄驼蹄”之句，可见红曲之在民间，已成为很普及的调味品。
红曲在造法中，是以熟米饭为曲菌生长繁殖的糖源，接入绝佳的红酒糟以为菌种，然后给以适当的温度、湿度和酸度，并要求严格的卫生条件———“凡造此物，曲工盥手与洗净盘簟，皆令极洁。一毫滓秽，则败乃至也。”这些经验，都是难能可贵的。
红曲霉菌在分解糖过程中，产生红曲糖化酶、淀粉酶、红曲霉红素、红曲霉黄素以及多种氨基酸、有机酸等物质，因之具有广泛的用途，对人体亦十分有益。
红曲是天然绝美的食品着色剂和有益无害的防腐剂。我国许多名酒皆以红曲为酒曲，也是制作红方腐乳的重要成分。此外，还被用于制香醋、药物和食物烹调等。
红曲与人体健康的关系，很早就被人们发现，历来被用作消食化滞、活血消肿、健脾强胃的良药。李时珍说，“入药以陈久者良。”
朱震亨指出红曲的功能有：“消食活血，健脾燥胃，治赤白痢，下水谷。”吴瑞说：以红曲酿酒，“破血行药势，杀山岚瘴气，治打扑伤损。”李时珍说：“治女人血气痛及产后恶血不尽。”