新农合出院是直接结算的，现在新农合和城镇居民医疗保险合并统称为城乡居民医保，居民医保的报销流程与职工医保一致，即参保人在参加居民医疗保险后，在正常享受待遇期内于定点医药机构就医的，持社会保障卡进行刷卡即时结算。其中符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目和医疗服务设施范围的医疗费用，按照规定从基本医疗保险基金中支付。
一、新农合报销比例
1、原则上规定，参合农民每人每年补偿标准最高不超过6000元。参合农民因患大病，当年医疗费数额特大的实行二次补偿。二次补偿最高限额不超过6000元。即参合农民当年因患大病住院治疗，当年可享受最高12000元的补偿。少数县市制定的方案略高于此标准。
2、新农合政策范围内的住院费用和报销比例也由60%提高到了70%，最高的支付限额已经从3万元提高到不低于5万元。同时各地还将普遍开展新农合的门诊统筹，农民门诊就医也可以按照比例来报销。这个报销比例是根据医院等级来的，而不是按照市级或者县级来的，另外各个省根据当地经济水平不同，报销比例也会有5%的差异：
门诊报销比例上调至30%，住院报销比例一级医院不低于75%、二级医院不低于55%、三级医院不低于45%，政策范围内住院实际补偿比达到70%，最高封顶线10万元，达到农民年人均纯收入10倍以上。基本药物、中药饮片(包括院内中药制剂)及中医针灸、推拿、拔罐、刮痧等中医适宜技术报销比例提高10%。
3、卫生部会同民政部启动农村居民重大疾病医疗保障工作，由农村儿童先心病和急性白血病开始，逐步扩大到20种疾病。新农合在限定费用基础上，将重大疾病的报销比例提高到70%，对于符合条件的救助对象医疗救助再补偿20%。
根据医改要求，各地将以省(市)为单位全面推开儿童白血病、先心病、终末期肾病、乳腺癌、宫颈癌、重性精神疾病、耐药肺结核、艾滋病机会性感染等8类重大疾病保障工作，并在1/3左右的统筹地区，将血友病、慢性粒细胞白血病、唇腭裂、肺癌、食道癌、胃癌、I型糖尿病、甲亢、急性心肌梗塞、脑梗死、结肠癌、直肠癌等12类疾病纳入农村居民重大疾病保障试点范围。
二、新农合报销流程的结报程序
(一)在县内定点医疗机构门诊就诊的医药费在就诊医疗机构刷卡报销。定点医疗机构要每月汇总并及时填报《新型农村合作医疗门诊医药费报销一览表》和《新型农村合作医疗门诊医药费申请核拨表》，向县农医办办理费用审核拨付手续。
(二)在县内定点医疗机构住院诊治，可以享受新型农村合作医疗资金报销的部分费用，在办理出院手续时，由就诊定点医疗机构刷卡报销。定点医疗机构要每月汇总并及时填报《新型农村合作医疗住院费用一览表》和《新型农村合作医疗住院费用申请核拨表》，向县农医办办理费用审核拨付手续。
(三)在县外医保定点医疗机构门诊、住院诊治，先由参合人员垫付一切费用，医疗终结后，持定点医疗单位的有效票据、汇总清单、病历卡、新型农村合作医疗卡及身份证复印件，到所在地乡镇农医办申报，由乡镇农医办上报县农医办进行审核报销。
(四)特殊病种(恶性肿瘤、结核病、精神病、再生障碍性贫血、慢性肾功能衰竭透析、系统性红斑狼疮、血友病)在县内、县外定点医疗机构门诊所发生的医药费，先由参合人垫付一切费用，医疗终结后，持定点医疗单位的有效票据、病历卡、医院证明、身份证复印件及新型农村合作医疗卡，到所在地乡镇农医办申报，由乡镇农医办上报县农医办按住院报销办法给予报销(病程较长、医疗费较高的，中途视情预报销)。
(五)已参加商业保险的人员发生的医疗费用，可持商业保险公司的理赔单和有效票据复印件按上述办法报销，但两者报销总额不得超过实际发生医疗费。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》
第二十四条 国家建立和完善新型农村合作医疗制度。
新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
第三十条：下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：
（一）应当从工伤保险基金中支付的；
（二）应当由第三人负担的；
（三）应当由公共卫生负担的；
（四）在境外就医的。
医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。
第五十七条：用人单位应当自成立之日起三十日内凭营业执照、登记证书或者单位印章，向当地社会保险经办机构申请办理社会保险登记。社会保险经办机构应当自收到申请之日起十五日内予以审核，发给社会保险登记证件。
用人单位的社会保险登记事项发生变更或者用人单位依法终止的，应当自变更或者终止之日起三十日内，到社会保险经办机构办理变更或者注销社会保险登记。
市场监督管理部门、民政部门和机构编制管理机关应当及时向社会保险经办机构通报用人单位的成立、终止情况，公安机关应当及时向社会保险经办机构通报个人的出生、死亡以及户口登记、迁移、注销等情况。
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