1986年，“南京区域经济协调会”第一次会议召开，南京经济区的成立为日后南京都市圈的规划发展埋下了伏笔。
2000年7月，江苏城市工作会议提出打造以省会南京为中心的经济联合体——“南京都市圈”。
2001年3月21日，在江苏省计委的召集下，江苏省的南京、镇江、扬州和和安徽省的芜湖、马鞍山、滁州6个城市计委负责人首度就“南京都市圈”建立和发展问题进行了研讨。6城市达成共识：“南京都市圈”范围锁定在南京南边100公里左右，即1小时车程以内，以南京为核心城市，其余5城市为“中间传导”，并确定了今后以政府引导与市场相结合的方式来实现“圈内资源共享，提高整体竞争力”的目标。此后，6城市频繁商讨的议题包括：如何消除政策障碍、行政及市场壁垒、如何真正实现资源共享、相互开放市场、科技人才流动、产业密切合作以及跨区域的基础设施共建等等。
2002年3月，苏皖南京、镇江、扬州、芜湖、马鞍山、滁州6城市计委负责人汇集江城芜湖，就启动共建“南京都市圈”展开具体的规划研究。“南京都市圈”实现的将是一个开放型的城市一体化进程，这在中国尚为首次尝试，也是国内唯一的跨省都市圈。
2003年1月15日，江苏省政府批准了《南京都市圈规划（2002-2020）》。
2004年，中国·南京重大项目投资洽谈会首次由南京都市圈6城市（南京、镇江、扬州、芜湖、马鞍山、滁州）联办。在1300多亿元的项目总投资中，给其他5个市带来的项目投资总额超过了700亿元。
2005年，中国南京重大项目投资洽谈会，除主办城市南京外，周边的江苏镇江、淮安以及安徽芜湖、马鞍山、滁州、宣城、淮南等七个城市参与联办，形成“一加七”模式，共同发布了总投资额达人民币一千五百多亿元的三百六十八个重点招商项目，吸引了海内外众多客商前来洽谈，也初显了南京都市圈经济联动的活力。
2006年底，南京都市圈八市经济总量超过7300亿元，成为全国重要的区域经济平台。
2007年4月28日下午，在南京都市圈市长论坛上签署了《南京都市圈共同发展行动纲领》，明确都市圈发展目标是区域经济联合体，确定了在交通、物流、金融、市场、产业、公共服务等九个方面的合作重点。
2007年12月8日，第五届南京都市圈发展论坛在扬州举行，江苏副省长参加会议并讲话。
2008年4月29日，南京都市圈交通发展论坛上，南京、巢湖、马鞍山、滁州、芜湖、扬州、镇江、淮安8市的交通局签署框架协议，“十一五”期间将对8个市之间所有的公路收费站进行“精简”式整合，市域内公路收费站全部外移，而跨区域同一公路原则上将只设一个收费站。
2008年11月28日，第六届南京都市圈发展论坛在滁州市举行。苏、皖两省专家、学者及滁州、南京、扬州、镇江、芜湖、马鞍山、巢湖等都市圈城市的政府官员和相关部门负责人，围绕“合作分工、共建共享、创新发展”主题进行了深入探讨。
2010年4月29日，来自南京都市圈八市的市长会聚南京举行第四届南京都市圈市长峰会，会上启动了“南京都市圈农副产品信息交换平台”，并签署了5项合作协议。
2010年5月24日，国务院颁布《长江三角洲地区区域规划》，规划中明确提出要加快南京都市圈建设，编制南京都市圈区域规划。
2010年11月28日，“2010年南京都市圈发展论坛”在南京举行。本次论坛由南京市人民政府、南京财经大学、安徽省社科院和江苏城市发展研究院主办，江苏省政府何权副省长、南京都市圈各城市政府负责人、苏皖两省发展改革系统负责人以及国家宏观院和苏皖两地有关专家学者参加了会议。论坛围绕“南京都市圈与长三角经济区互动发展研究”这一主题展开深入研讨。
2011年4月26日下午，由南京、镇江、扬州、淮安、芜湖、马鞍山、滁州、巢湖等八市人民政府共同举办的第五届南京都市圈市长峰会在南京紫金山庄会议中心举行。本届市长峰会是“2011中国·南京重大项目投资洽谈会”的重大专场活动之一。会议以“加强规划衔接，共绘发展蓝图”为主题，旨在开启编制南京都市圈区域规划，使南京都市圈一体化建设上升为国家战略。国家发改委及江苏、安徽两省发改委领导，南京市长季建业，常务副市长沈健，副市长陈刚，市政府秘书长魏克，都市圈各市市长，及各市有关部门负责人出席了会议。
2011年7月，第五届长三角南京都市圈建设论坛在南京召开，会上8市签署南京宣言：到2015年基本建成以南京为中心、内接都市圈7城市、外连全国各中心城市的现代化轨道交通网和以禄口国际机场为中心，服务都市圈区域，通往全国、亚太和欧美的现代化航空运输网。
2012年4月26日，第六届南京都市圈市长峰会在南京金陵会议中心举办，峰会上市长们签署了《共同编制南京都市圈区域规划合作协议》，并且宣布该规划将于今年5月底前完成初稿，争取年底前上报国务院。
2013年8月3日，南京都市圈第一届党政领导联席会议暨南京都市圈城市发展联盟成立大会在南京隆重举行，此次名为“南京都市圈第一届党政领导联席会议暨南京都市圈城市发展联盟成立大会”，来自苏皖八市的党政一把手均出席。这是都市圈成立以来规模最大、规格最高的一次大会，会上确立的一系列合作新机制南京都市圈推上了新起点，会上宣城正式成为南京都市圈新成员。
2014年5月11日，南京都市圈第二届党政领导联席会议在安徽芜湖召开，来自江苏南京、镇江、扬州、淮安和安徽芜湖、马鞍山、滁州、宣城的党政主要领导参加会议。地区经济司副司长黄进发同志作为特邀代表参会并致辞。会议总结回顾了第一届南京都市圈党政领导联席会议以来的工作，提出了下一步工作思路，审议通过了《南京都市圈近两年工作推进纲要》。会上，还专题介绍了南京承办第二届青年奥林匹克运动会的筹备情况，8市市长签署了《南京都市圈八市共襄“青奥”备忘录》。
2015年3月，南京市委办公厅和南京市政府办公厅联合下发《健全南京都市圈协同发展机制改革实施方案》。
