这种情况最多只算是“涉嫌”职务侵占，公安可以立案也可以不予立案，毕竟其与公司的劳资纠纷发生在私收货款之前，员工做为一个相对公司的“弱势群体”，在面对不公平的待遇下所做出的一些行为虽然违法但也情有可原，但其性质确实发生的变化，正如问方所言其行为以不再是非法占有为目的，而职务侵占罪构成要件其一是以非法占有为目的，所以此行为只能算是“涉嫌”职务侵占，也可定义为经济纠纷。
如果法院认定为职务侵占，定认金额也应该扣除公司所欠的劳动报酬，一般一审法院都会从保护当地企业或司法部门的利益出发，量刑很重，所以你上诉到中院或高院就可以了。
参考资料是上海职务侵占判决，一审判了七年，上海中院考虑了劳资纠纷这个事实，结果判了三年缓四年，还公正吧。
嘿，我个人认为应该判那家公司有罪，就因为中国法律对这种垃圾公司企业处罚力度不够，才造成全国各地处处都有私营公司企业“理直气状”以各种手段剥削打工者的应有所得，年年都出现跳楼，打人伤人的惨剧发生，国家部门年年为打工者讨资的行为都是些治标不治门的办法。
参考资料：http://www.a-court.gov.cn/platformData/infoplat/pub/no1court_2802/docs/200812/d_545502.html