主角是史特列洛克，曾与潜行者『方』一同潜入过石棺，并且发现了黑石与变异区的秘密，并写下一份手稿，藏于皮里皮亚特的宾馆2楼26号方房。不过在伪装成黑石精英逃出时被发现，方被杀死了。史特列洛克把他安葬在纪念碑前，所以便有了『方的遗物』（你找到了吗？）。
手臂上的刺青是黑石组织派出的精英的标识，他们被派出核电站去阻止其他潜行者深入变异区北部。并且找到并摧毁史特列洛克的阵营。不过超级意识体没想到的是史特列洛克本人和方已经潜入了这批精英中，并且发现了黑石的秘密。在方死后，史特列洛克在一辆用于运送这批精英上的死亡卡车上发现许多人已经死去了，便杀死开车的黑石潜行者，并夺下卡车，疯狂逃出。之后就出现了开场动画中的那一幕.........
下面附上主角与超级意识体的对话：
“你是谁？”S(talker)问
“我是一个试验的结果。这个试验的目的是创造出一个超级意识(Super攻略consciousness)，当时有7个志愿者要求加入这个试验，最终他们的意识形成了我。”;
S“你的目的是什么？”
“每个人都有不同的意识，可是个人的意识不足以影响整个世界。我们相信地球被一种磁场，叫做C攻略form包围着，他包含并影响着地球上所有生物的一切感觉、思想。我们的目的（这里他称试验的策划者做Craker）就是为了要改变C攻略form，去处掉愤怒、妒嫉、悲伤这些负面情绪。”
S：“你为什么在这儿？”
“自从86年核电站爆炸事件发生以后，这儿就很少有人出现了，可以让我们更加放心的实验而不被人干预。更为重要的是，这儿有很多巨大的天线，这是我们这个实验中最重要的一环。”
S：“86年的事件是你们干的么？”
“不是”
（接下来问问自己的问题）
S;“我手上的STALKER纹身是什么意思？”
“那是一种从事特殊任务的机构的人员名称。当86年核电站事件发生以后，我们在这儿建立了试验的基地。可是后来不断的有人试图进入这个中心区域，这是不能允许的，因为人类的意识还不能接受这样的现实（自己的意识可以被别人所控制、更改）。于是我们雇佣了stalker来阻止他们，并且答应事成之后满足他们最渴求的欲望。（大概这就是所谓的Wish;Granter了）。我们拥有的地下网络，是你所不能想象的。;。我们会控制那个Stalker的意识，并且将这个任务灌输进去，然后运送出去执行任务，可是这中间的死亡率太高了。
有一队冒险者，他们离发现我们并且发现真相只剩下一步之遥了，你的任务就是去杀了他们并且毁灭一切相关的证据。可是这当中发生了一个错误，那就是其中的一个正是你自己，我们也正在计算，为什么会出现这样的错误。”
S;“接下来？”
选择权在你，如果你选择加入我们，那么你就就会和超级意识合为一体，最终你的肉体或许会死去，但是你的意识会长存。如果你拒绝那么前面还有战斗等待着你，你将会死亡。。
Duty:希望永远不要开放Zone，以保护人民不受变异怪物及其他超自然力的影响。活动范围：ZONE外围
Freedom:希望开放Zone，把其中的秘密公之于众，认为ZONE里的东西应该全世界人共有。活动范围：ZONE外围（其实是进去的人都死了或者丧尸化了）
Military:阻止任何人进入ZONE，目的是保护政府实验不受影响，其实他们并不知道实验的真正目的。活动范围：大多数地区。
monolith：阻止任何人靠近核电站（包括军方），保护政府实验不受影响，其实他们是被洗脑的军方精英，拥有最先进的武器和护甲，PDA里说过军方曾有大规模军事行动去核电站取回实验数据，但几乎被全灭，可见他们的战斗力。他们是实验成功的产物。
这里我反复提到“政府实验”，那指的是什么呢？
86年核电站炸了以后，ZONE地区中不断出现超自然现象，比如不稳定的引力场，幽灵，ARTIFACT,而且这里的环境很适合进行科学研究，偶然的实验中发现一种精神力可以控制人和动物，但对动物的效力远没对人的大，游戏中我们碰到的会把你拉过来推过去的大头怪物CONTROLER就是实验的产物，如果说政府就是为了制造这种生化士兵而封锁ZONE就太小儿科了，所谓的许愿机也不过是使人脑中产生幻觉而认为自己的愿望已经实现。这些都是实验的副产物，政府的真正目的是造出一个大型发射装置使这种精神力控制全世界所有的人。在X16中被玩家关掉的那个放在试管里的大脑子就是原型机，真正的机器在核电站的地下秘密研究室里，就是用你在旅馆中的到的解码器和文件解码后才能进去的地方，真结局的必备条件。要使这个机器发挥作用需要S.T.A.L.K.E.R.才行。
S.T.A.L.K.E.R的全称是Scavengers, Trespassers, Adventurers, Loners, Killers, Explorers, and Robbers，中文翻译就是拾荒者，入侵者，冒险者，独行侠，杀手，探险家和强盗，他们是一群在the Zone工作的雇佣兵和赏金猎人。
说白就是需要活人接入机器才能发挥作用，这些人都是其中的精英分子，所有这些人都被标记为S.T.A.L.K.E.R，片头动画中可以看到那个死人手臂上有S.T.A.L.K.E.R的纹身，主角也有，所以被称为THE MARKED ONE，被标记者。现在已经有6个人了，还差一个就是主角，最后的时候你可以选择加入实验或者破坏其他6个生体实验装置，真结局就是主角破坏了其他6个装置，逃出生天。
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