首先···春秋战国时期人口是有减少~~~~
但是春秋时期由于征兵方面（当时之征用“国人”而不征用“野人”，国人指的是城池内以及城池周边的国民，野人指的是乡下的不居住在城池里的人）的问题，大型战役双方总兵力往往少于10万甚至少于5万人（例如吴楚之战），更别提小型战斗，往往只动用不到千人的部队，并不会使人口出现大规模的减少。
战国时期是兼并战争，虽然减少的部队人数较多，但是战胜国对占领地不会进行大规模的屠杀（对士兵会进行坑杀，但是对百姓不会），并且在战争过程中往往不会征用非本国固有土地上士兵（新占领地民众始终报有故国思想，并且影响深刻），不会造成被占领地百姓逃避兵役而瞒报户籍。故人口损失只在几百万人左右，对于当时一千五百万左右的人口数···还是可以接受的。
其次，三国时期的人口减少的数量并没有百分之九十九。
以下引用一段别人的回答
““““公元156年人口5007万，经过黄巾起义和三国混战，公元208年赤壁大战后的全国人口为140万，公元221年人口下降到90万；损失了98.3%。“马前悬人头，车后载妇女”、“白骨露于野，千里无鸡鸣，生民百余一，念之断人肠”，公元208年赤壁之战曹操说汉末三国大动荡活下来的人只是原来人口的1%！一直到公元265年，三国人口总计才767万。””””
见——————
http://zhidao.baidu.com/question/18118368.html 你看看 公元221年人口数下降到90万，而到265年人口数到了767万····
短短的44年内人口翻8倍···这是人还是蟑螂啊···才不到两代要翻八倍····
208年赤壁之战的时候140万人···曹操军23万+孙刘联军6万+其它军阀军（刘璋5万左右+张鲁2万左右+马腾5万左右）=41万···请问···养活这至少41万部队要多少后勤人员，答案是两倍，折中点就算同比吧，那么军用人员82万，剩下的60万不到的人怎么养活他们···
所以可以说，你们说的三国时期人口减少了百分之九十九本身就是不正确的。
而实际三国时期的人口减少有以下方面原因：
1、屠杀，皇甫嵩屠杀黄巾军，董卓屠洛阳，曹操屠徐州等，军阀屠杀积聚财富，士兵屠杀积累军功。
2、战斗，官渡赤壁夷陵，兵力损失都是以大10万计，另外，黄巾起义时期单黄巾军部队的减员数量至少不少于200万。
3、人口统计问题，东汉的户籍制度还是相对严谨的，所以能统计出“公元156年人口5007万”，而军阀混战时期，各个军阀连自己部队有多少人都不知道，怎么能知道有多少人口。另外，三国时期，基本三国都实行了兵户制度，造成百姓为了逃避兵役而瞒报户籍。这一点诸葛亮在刘备入蜀时就有提出，并作了一系列户籍改革，但是效果一般。
三国时期按照推断来说人口总基数应该保持800~1500万左右(265年晋朝的数据也是不准确的)，相比东汉兴盛时期的5000万而言，少了整整2/3到4/5左右，可以算是我汉民族的一大浩劫，以致后来的五胡乱中原···哎·····
就回答这么多了···绝对原创手打···一家之言仅供参考