中国科学院上海生命科学研究院在2000年至2005年间，在生物医学研究领域取得了显著成就。他们聚焦于基因组研究，包括人类和植物基因组的功能探索，以及脑发育与可塑性的基础研究。在这一时期，研究院在《Science》、《Nature》、《Cell》和《PNAS》等国际顶级期刊上发表了63篇高质量论文，彰显了其在全球生物学研究中的领先地位，每年SCI论文发表量位居国内科研机构前列，生物学领域更是名列前茅。
在科研成果方面，该研究院获得了国家、省部委等颁发的多项科技奖项。他们荣获60项科技奖励，其中38项为第一完成单位，展现了他们的创新能力。他们在国家自然科学奖、国家科技进步奖和国家技术发明奖等多个层次上取得了显著成绩，尤其是在国家自然科学奖上，连续多年有项目获奖，如王恩多等人的“氨基酰-tRNA合成酶研究”、甘人宝等人的“重组人表皮生长因子”等。
在专利和新药研发方面，上海生命科学研究院申请了539项专利，其中发明专利占371项，已获授权168项，包括121项发明专利。他们还获得了33张国家新药证书，其中一类新药证书3张，并取得45张新药临床批文，其中5张为一类新药。这些成果证明了他们在药物创新方面的实力。
值得一提的是，2001年至2008年间，研究院在多个重要科研项目上获得了国家科技奖励，包括生化与细胞所裴钢等人关于G蛋白偶联受体信号研究的成果，以及韩斌等人对水稻第四号染色体测序和功能分析的贡献，这些都为生物学研究带来了重要突破。
中国科学院上海生命科学研究院（Shanghai Institutes for Biological Sciences，缩写为SIBS）成立于1999年7月，是中国生命科学领域重要的综合性国立研究机构，由原上海地区的中国科学院8个生命科学研究所和2个研究中心的基础上组建而成。