面对外国资本主义势力的侵略，中国人民进行了坚决的反抗，主要表现之一是遍及全国、延续时间很久的自发的反洋教斗争。这种斗争具有广泛的社会基础和号召力。当时，不少外国传教士深入中国内地，修建教堂，招收教徒，且有些教士、教徒利用特权，横行不法，鱼肉百姓，引起人民的忿慨和反抗。一些官吏、地主和知识分子也纷纷参加，致使斗争变得极为复杂。19世纪下半叶，各地的反教会斗争连绵不绝，其中较大的有同治年间的贵州教案、四川酉阳教案、天津教案、光绪初年长江下游各地的教案、中法战争期间西南地区的教案以及甲午战争前四川余栋臣、热河金丹道发动的斗争。越到后来，规模越大，反洋教斗争和反清斗争逐渐有结合的趋势。秘密结社的参加，武装起义的频繁，成为19世纪末反洋教斗争的特色。