1、首次实施载人飞船自主快速交会对接
神舟十二号载人飞船将首次实施载人自主快速对接。这样就可以大大缩短从发射升空到交汇对接的时间，可以让航天员尽快的到达空间站，减少旅途的疲劳。
2、首次实施绕飞空间站并与空间站径向交会
神舟十二号载人飞船将首次开展绕飞和径向交会对接试验。这样可以满足多艘飞船在多个接口同时对接能力，为以后多艘载人飞船、货运飞船同时常态化对接做好准备工作。
3、首次实现长期在轨停靠
神舟十二号载人飞船将实现在轨停靠3个月，这是以往几次飞行中都没有过的，将对航天员、空间站、飞船等提出了更高的要求，虽然这次任务时间长，但是据介绍，航天员的在轨生活并不枯燥，他们的生活非常充实与精彩。
4、首次具备从不同高度轨道返回东风着陆场的能力
神舟十二号将从从东风着陆场返回，不从内蒙古四子王旗着陆场返回，这样提高载人飞船返回适应性和可靠性，为将来的飞行任务积累经验。
5、首次具备天地结合多重保证的应急救援能力
本次航天发射，其实有两艘飞船同时进场，一艘发射、一艘备份，另外备份的飞船具备8.5天应急发射能力，这样如果空间站中的航天员遇到什么紧急情况，就可以快速实现太空救援。