第三十条 财政部、科技部对专项经费拨付使用情况进行监督检查。
第三十一条 科技部会同财政部组织专家或委托中介机构对专项经费的使用和管理进行专项财务检查或中期评估。专项财务检查和中期评估的结果，将作为调整项目预算安排、按进度核拨经费的重要依据。
第三十二条 项目完成后，项目承担单位应当及时向科技部提出财务验收申请。项目承担单位通过财务验收后才可进行项目验收。科技部负责组织对项目进行财务审计与财务验收。财务审计是财务验收的重要依据。
第三十三条 存在下列行为之一的，不得通过财务验收：
（一）编报虚假预算，套取国家财政资金；
（二）未对专项经费进行单独核算；
（三）截留、挤占、挪用专项经费；
（四）违反规定转拨、转移专项经费；
（五）提供虚假财务会计资料；
（六）未按规定执行和调整预算；
（七）虚假承诺、自筹经费不到位；
（八）其他违反国家财经纪律、损害国家利益、危害国家安全的行为。
第三十四条 项目通过验收后，各项目承担单位应当在一个月内及时办理财务结账手续。项目经费如有结余，应当及时全额上缴科技部，由科技部按照财政部关于结余资金管理的有关规定执行。
第三十五条 科技部应当结合财务审计和财务验收，建立科研项目经费的绩效评价制度。
第三十六条 专项经费管理建立承诺机制。项目承担单位法定代表人、项目负责人在编报预算时应当共同签署承诺书，保证所提供信息的真实性，并对信息虚假导致的后果承担责任。
第三十七条 专项经费管理建立信用管理机制。科技部对项目推荐部门、项目承担单位、项目负责人、中介机构和评审评议专家在专项经费管理方面的信誉度进行评价和记录。
第三十八条 对于预算执行过程中，不按规定管理和使用专项经费、不及时编报决算、不按规定进行会计核算的项目承担单位，科技部将会同财政部予以停拨经费或通报批评，情节严重的可以终止项目。对于未通过财务验收，存在弄虚作假，截留、挪用、挤占专项经费等违反财经纪律的行为，科技部、财政部可以取消有关单位或个人今后三年内申请国家科研项目的资格，并向社会公告。同时建议有关部门给予纪律处分。涉嫌犯罪的，移送司法机关。
