科学施肥，测土配方施肥，合理氮磷钾肥配比，避免磷肥过量使用。磷肥做基肥的话，要深施或整层施，不得表层施。水绵生长在稻田水面，阻碍水稻生长温度，降低稻田水温和地温。水绵附着在水稻植株上造成植株表面潮湿，阻碍了水稻植株的呼吸和通透性，容易造成水稻秧苗腐烂和叶鞘腐烂。水绵的危害使气体交换不好，容易产生硫化氢等有害气体，引起根部发黑、腐烂等生理疾病，严重影响水稻的分蘖和生长，争夺肥料利用率。导致水绵发生的条件有:长期积水的低洼静水田、排水不畅、水质恶化的水田。大量施用磷肥形成富水稻田。种植者在插秧前对水田进行灌溉，水田中的除草剂多采用药土的方法施用，因此施用后需要保持一段时间的水层才能发挥药效，有利于水绵的发生。
特别是寒地水稻种植区的高温季节为5-8月，气象条件也有利于水绵的发生。在水绵的全盛时期，草木灰被用来播撒水绵的斑块，以增强土壤的碱性，使水绵失去酸性环境。撒草木灰后，要求保持水层3 ~ 5天，能在一定程度上抑制水绵的发生。根内气体交换不畅导致硫化氢和沼气产生，使根变黑腐烂，影响水稻分蘖，降低根系吸收能力，降低生长发育，降低水稻产量和品质。水绵附着在水稻植株上造成植株表面潮湿，阻碍了水稻植株的呼吸和通透性，容易造成水稻秧苗腐烂和叶鞘腐烂。
水绵的危害使气体交换不好，容易产生硫化氢等有害气体，引起根部发黑、腐烂等生理疾病，严重影响水稻的分蘖和生长，争夺肥料利用率。在水稻老水田中，磷肥施入过浅、温度低、田间水不流动的情况下，容易发生水绵。稻田覆盖水绵的危害体现在遮荫过紧，降低水温，同时与水稻争肥争荣，使水稻生长缓慢，分蘖减少，严重影响产量，同时影响毒土法施用除草剂的扩散，容易造成药效下降或药害。稻田使用的肥料，如有机肥，必须充分分解后才能使用，必须注意均匀撒施；磷肥做基肥的话，要深施或整层施，不得表层施。
2、合理灌溉，现在应该采用浅，湿灌溉方法。
3、化学防治：三苯基氢氧化锡等铜类杀菌剂，面积大的最好人工先打捞一下，或进入走几趟，使水绵丝状体断裂出现伤口，易接触药液，使水绵快速中毒死亡。