六部是吏、户、礼、兵、刑、工各部的总称。
1、工部
工部为管理全国工程事务的机关。职掌土木兴建之制，器物利用之式，渠堰疏降之法，陵寝供亿之典。凡全国之土木、水利工程，机器制造工程（包括军器、军火、军用器物等），矿冶、纺织等官办工业无不综理，并主管一部分金融货币和统一度量衡。
2、刑部
刑部为主管全国刑罚政令及审核刑名的机构，与督察院管稽察、大理寺掌重大案件的最后审理和复核，共为“三法司制”。
刑部的具体职掌是：审定各种法律，复核各地送部的刑名案件，会同九卿审理“监候”的死刑、案件以及直接审理京畿地区的待罪以上案件。刑部的内部组织机构的设置是按省设司，明为十三司，名称与户部诸司同。
3、户部
户部掌全国疆土、田地、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜。其内部办理政务按地区分工而设司，明十三司﹕河南、山东、山西、陕西、浙江、江西、湖广、广东、广西、四川、福建、云南、贵州。清增江南司，为十四司。各司除掌核本省钱粮外，亦兼管其它衙门的部分庶务，职责多有交叉。
4、吏部
吏部为管理文职官员的机关，掌品秩铨选之制，考课黜陟之方，封授策赏之典，定籍终制之法。吏部下设四司：明清为文选清吏司、验封司、稽勋司和考功司。文选清吏司掌考文职之品级及开列、考授、拣选、升调、办理月选。验封司掌封爵、世职、恩荫、难荫、请封、捐封等事务。
5、礼部
礼部掌典礼事务与学校、科举之事。考吉、嘉、军、宾、凶五礼之用；管理全国学校事务及科举考试及藩属和外国之往来事。
礼部下设四司，明清皆为：仪制清吏司，掌嘉礼、军礼及管理学务、科举考试事；祠祭清吏司，掌吉礼、凶礼事务；主客清吏司，掌宾礼及接待外宾事务；精膳清吏司，掌筵飨廪饩牲牢事务。
6、兵部
明职掌全国军卫、武官选授、简练之政令。清职掌全国绿营兵籍及武职官员的机构。职掌内外武职官员的除授、封荫之典，乘载、邮传之制，甄核、简练之方，士籍、军实之数。兵部下设四司﹕武选清吏司，考核武职官员的品级与选补、升调、承袭、封赠诸事，并管理土司。
车驾清吏司，掌全国马政及驿传等事；职方清吏司，掌武职官员的叙功、核过、抚恤、军旅之简阅、考察、巡防等事，并管理关禁与海禁；武库清吏司，掌全国之兵籍、军器并武科考试之事。
三省六部制的特点
1、分工明确，效率高：三省分工明确，中书省负责草拟吧颁布皇帝的诏书；门下省负责审核政令；尚书省负责执行国家的政令。三省职责明确，提高了办事效率。
2、相互监督，相互牵制：中书省颁布的皇帝的诏令和政令，如果门下省发现不符合皇帝的意思或是不可行应驳回。尚书省只负责执行政令，无其他权利。这样严密的中央机构的设置使他们有监督和牵制。
3、分散相权，集中皇权：三省将原来丞相的权利一分为三，分散了丞相的权利，加强了皇权。