一般来说，不会影响摇号资格，除非退税后导致你的纳税金额为零。
建议你在办理退税的时候，重点关注“应纳税额”只要“应纳税额”不为零，那么，你就可以大胆办理退税了。
根据《北京市小客车数量调控暂行规定》实施细则（2020年修订），如下：
第九条住所地在本市的个人，名下没有本市登记的小客车，具有有效的机动车驾驶证，可以办理1个配置指标的申请登记。住所地在本市的个人包括：
（一）本市户籍人员。
（二）驻京部队现役军人和现役武警。
（三）持有效身份证件且近一年以上在京居住的港澳台人员和外国人。
（四）持有效《北京市工作居住证》的非本市户籍人员。
（五）持有效《北京市居住证》且近五年（含）连续在本市缴纳社会保险费和个人所得税的非本市户籍人员。
近五年（含）连续在本市缴纳社会保险费是指：申请人从申请月的上一个月开始往前推算60个月连续向本市社保部门缴纳社会保险费，不能断月（如有断月，补缴后有效）。
近五年（含）连续在本市缴纳个人所得税是指：申请人从申请年的上一年开始往前推算连续五年，每年在京缴纳个人所得税，且纳税额大于零，可以断月，不能断年，以税款入库日期为准（如有断年，补缴无效）。
首先，退税金额比纳税金额多，是不可能发生的事情。但是，退税后导致纳税金额等于零，是完全有可能的。在这种情况下，如果你选择退税，那么，你的纳税金额为零，会失去摇号资格。
购车摇号的主要影响：
北京摇号购车的调控措施，将全年购车指标控制在24万个，据专家估算，加上二手车、更新、报废车以及在北京购买外地使用的车辆等，预计2011年北京市机动车销售量约在50万辆的水平，而2010年北京市共销售92万辆机动车。这意味着北京车市将遭“腰斩”。
2011年6月28日~7月1日，《第一财经日报》与盖世汽车网围绕此话题对业内人士展开了线上投票与线下走访调查，其中61％的参与者认为北京摇号限牌对车市将带来巨大影响，而30％的人认为虽然此政策将对车市产生冲击，但影响不大，另有9％的选择了不好说。
调查中，在“如何看待目前北京限牌限购政策”的问题上，5％的人支持限牌限购，认为这一政策有效缓解了交通拥堵状况。但亦有34％的人士认为限牌限购对缓解交通压力帮助不大。
另有8％的参与者明确表示反对这一政策，认为它影响了市民的日常生活。从这一结果中可以看出，北京的限牌限购政策效果趋于乐观，但不可忽视的是，不支持者比例也不小。