构成植物细胞壁的三个主要成分是：①纤维素，占细胞壁干重的25%～50%；
②半纤维素，约占细胞壁干重的53%左右；
③果胶质，一般占细胞壁的5%。纤维素和半纤维素是细胞壁初生结构和次生结构的成分，而果胶类物质是连接细胞的胞间层的成分。分离原生质体最常用的酶有纤维素酶、半纤维素酶和果胶酶。
果胶酶主要是降解中层，而纤维素酶和半纤维素酶分别用于消化细胞壁的纤维素和半纤维素成分。
一般用于降解纤维素的酶R-10主要是从霉菌emphasis：role=italicTrichoderma：viride中emphasis分离纯化得到的，有时要处理比较顽固的组织还要另外添加半纤维素酶Rhozyme：HP-150。最常用的果胶酶是从真菌emphasis：role=italicRhizopusemphasis中得到的。另外，还有几种酶被用来处理那些不容易释放原生质体的组织。
表3-1：原生质体分离常用的酶