由於台湾高铁共有七种订票／退票方式，其中，有三种订票／退票方式可使用网络。
每种方式对应的手续费都不同，从0元至20元（新台币，以下皆同）不等。说明如下：
一、网路订票：
对号座：完成付款但尚未取票之订位，最迟於列车出发的30分钟前，利用高铁网路系统、高铁T Express取消订位，或至车站售票窗口办理退费，免收手续费；
自由座：最迟於指定乘车日之营业时间结束前办理，免收手续费；
列车出发前30分钟内退票，收20元手续费；
旅行开始後，除相关法令及另有规定外，不得办理变更或退票。
二、T Express手机购票：
最迟於列车出发的30分钟前办理退费、退票手续，免收手续费；
用手机预订30分钟内车次者，付款後不受理退费／退票。
三、团体购票：
第一次变更：最迟於一日前办理，免收手续费；
若取消行程或减少人数之退票，最迟於列车出发前2小时办理，并按每张票20元计算手续费；
若迟於列车出发前2小时，则不受理退票。
此外，亦可由便利商店购票、自动语音订位、自动售票机和车站窗口购票。
个人票的购票／退票的原则大致相同。即：
列车出发的30分钟前，须完成付款，否则系统不保留位置。若已完成付款，可利用系统退票，不收手续费。
列车出发前30分钟内办理退票，每张20元手续费。
旅行开始後，除相关法令及另有规定外，不得办理变更或退票。
变更行程一次不收费；变更行程第二次，每张收取手续费20元。