益兰菌不是肥料，因此在施用时不必考虑兰花是否是新栽植这个因素，但是新栽植兰花时，一般都会使用一些广谱性杀菌药对植株、花盆以及植料等进行全面杀菌消毒，在杀菌药物药效尚在时，不宜施用益兰菌类，因为杀菌药物不仅可以杀灭有害的致病性细菌和真菌等，同时也会杀灭益兰菌群，从而使杀菌药物和益兰菌群的效果互相抵消一部分，两者的效果全部会大幅度降低。
例如栽植时施用了多菌灵杀菌沙毒，而多菌灵的半衰期为7-10天左右，那么在施用多菌灵半个月之后才可以施用益兰菌，不论是否新栽植的兰花都应如此。
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