美国海军陆战队武装侦察部队乘坐鹦鹉螺号核潜艇前往纽约救援可能掌握对抗异形关键信息的前Crynet公司雇员内森·古德博士，但Ceph击沉了潜艇，三角洲部队的少校劳伦斯·巴恩斯（先知）救起了一位士兵阿卡特兹，因其自身感染异形的“曼哈顿病毒”，所以先知被迫脱下纳米战斗服给阿卡特兹穿上，随即开枪自杀。
阿卡特兹要完成先知的使命，拯救人类。因先知感染了曼哈顿病毒，所以CELL指挥官多米尼克·洛克哈特下令抓捕先知。古德博士也与先知取得联系，他们都把阿卡特兹当作了先知。阿卡特兹与古德碰面后，古德了解了先知的事情，告诉阿卡特兹纳米服可把异形的组织同化为自身所用，这是也解决异形入侵的关键所在。
这时，CELL发现了他们，于是他们逃到华尔街的Crynet基地，古德对阿卡特兹进行扫描，发现他全身都是致命伤，纳米服在维持他的生命。在扫描时，CELL士兵及指挥官洛克哈特和塔拉·斯特里克兰中尉闯入，将两人带走。CELL将两人送入飞行器时，遭到Ceph的袭击。纳米服在孢子武器攻击下失效，但被Crynet高管雅各布·哈格里夫远程重启。正是这位百岁老人吸收异形科技发明了纳米战斗服。
美国国防部计划摧毁城市的防洪大坝，消灭曼哈顿下层的Ceph。阿卡特兹被大水冲走，随后碰到在核潜艇袭击事件中幸存的战友奇诺。海军陆战队在他的帮助下掩护平民前往中央车站，撤离曼哈顿。哈格里夫联系到阿卡特兹，指出战斗服正在重写代码以便产生能与Ceph科技交流的接口，要求阿卡特兹和海军陆战队前往“哈格里夫-罗许”公司。
到达后大楼被Ceph袭击，建筑物被水淹没，阿卡特兹没能进入实验室。在中央车站，阿卡特兹与古德重逢，但古德的离奇逃脱，也让海军陆战队的巴克利上校对他产生怀疑，并猜测是斯特里克兰中尉故意释放了古德。经过激烈的战斗，他们成功让大部分平民撤离。中央车站倒塌后，阿卡特兹和没能撤离的海军陆战队员前往时代广场。在时代广场，纳米战斗服和Ceph科技进行融合，使附近的异形全部自毁，拯救了人类。
之后， 哈格里夫让阿卡特兹前往罗斯福岛，并且渗透到一个叫做“棱镜”的建筑。在岛上阿卡特兹杀死了领导CELL的洛克哈特。但当阿卡特兹到达棱镜时，却被哈格里夫抓住，原来哈格里夫想独自穿上纳米服拯救人类。纳米服由于和阿卡特兹深度融合，无法从阿卡特兹身上分离。在强制剥离过程中，阿卡特兹被塔拉救起，她透露自己的真实身份是CIA特工，正是她让侦察部队前往纽约。
阿卡特兹于是开始寻找哈格里夫，在哈格里夫的办公室，通过一个巨大的屏幕，哈格里夫告诉阿卡特兹，正是他最先在通古斯发现了Ceph。他把自己冷冻了一个世纪，期间仅通过计算机让自己的神经与外界联系。
哈格里夫最终发现自己无法抵抗Ceph，于是把能够完善纳米战斗服的升级针剂交给了阿卡特兹。随后，Ceph进攻罗斯福岛，哈格里夫触发定时炸弹，让整个建筑自毁。他还说服CELL不要再与阿卡特兹为敌。阿卡特兹逃到皇后大桥时坠入水中。在曼哈顿的岸边，阿卡特兹与塔拉中尉、古德博士、战友奇诺重逢。
巴克利上校通知阿卡特兹，美国战略司令部决定向曼哈顿岛投掷核弹以彻底根除Ceph，而不顾核弹可能造成的危害。阿卡特兹和队员前往异形中心时，一座尖塔拔地而起，使地面上的中央公园悬浮在空中。在海军陆战队的支持下，阿卡特兹登上了中央公园，完善后的纳米战斗服，使孢子对异形产生剧毒，从而杀死了纽约所有的异形。
几天后，城市开始逐渐恢复。跳入尖塔的阿卡特兹在昏迷状态下与纳米服里的先知进行精神交流，先知说，尽管纽约之战胜利了，但是战争远未结束。因为史前物种Ceph不仅在灵山和纽约建立了地下基地，世界各地还有许多基地。
纳米服重启后先知的记忆被整合到阿卡特兹的大脑中。阿卡特兹在中央公园苏醒后，收到了卡尔·恩斯特·罗许的讯号，并询问他的名字。阿卡特兹爬出废墟，第一次说出了游戏开头先知说过的话：“他们叫我先知 。”故事结束。
扩展资料：
人物介绍——
1、阿卡特兹Alcatraz
游戏主角，USMC服役，所在小队在将古德教授和“先知”从纽约营救出来的任务中几乎全军覆没。在被“先知”救出后，感染严重的“先知”将自己的Nanosuit2.0交给了他，由他接替“先知”的任务。而他成为Nanosuit2.0主要拥有者，完成了常人无法完成的任务，做事干净利落，由于身体受到严重的创伤，
他只能靠Nanosuit生存，后来雅各布帮他完善了Nanosuit，成为了对抗CEPH的活的生物武器。在最后中央公园的战斗中，进入了CEPH的病毒孢子扩散器内部，将病毒同化后，利用被修改了的病毒孢子消灭了城内的CEPH，成为了众所周知的英雄，不过他觉得这不是他一人的功劳，“先知”也有份，最终才说了“他们叫我···先知”这句话。
2、劳伦斯·巴恩斯少校
阿卡特兹的救命恩人，三角洲特种部队服役，Nanosuit2.0的主人，玩家心目中意义重大的角色（尽管存活的时间很短），其实孤岛危机1里“先知”就出现了，是诺曼的上司，同时也是哈格瑞夫安插的特工，为他收集CEPH的样本和资料。返回纽约后他质问哈格瑞夫为什么隐瞒了病毒的事情，进而认清了哈格瑞夫的嘴脸，而后愤然出走，
将相关资料也提供给古德教授进行Nanosuit的相关研究。原本计划由USMC将他和古德教授接应出纽约市，没想到USMC全军覆没，尽全力拯救了受重伤阿卡特兹后，“先知”将完成任务的希望寄托于阿卡特兹身上，希望他能继续完成自己的任务，还把Nanosuit2.0给了他；
为了彻底消除自己与Nanosuit的连接，身受病毒感染的“先知”选择了开枪自尽，死前还说了"大家都叫我“先知”，要记住我“。其实突变进化了的Nanosuit已经将“先知”的思想融入了自己的计算机，在纳米服被进一步完善的过程中被一点一点的激活。
孤岛危机2将不同于原作，原作中调查了神秘的陨石后，最后美军舰队被全数击沉，主角诺曼携科学家海伦娜逃离之后，外星人入侵了世界的各个地点，并极大的改变了环境，幸存的人类不得不联手起来对抗入侵者。
孤岛危机2的主战场因此改变至纽约，同时更有神秘势力Crynet出现，孤岛危机2的世界将比起原作更加的凶险和刺激，画面更加清晰真实。
孤岛危机2的主角变为了阿卡特兹，一位海军陆战队员，在与CEPH的战斗中，他被前作中生化装特种部队的队长劳伦斯·巴恩斯少校救起，普费由于在孤岛危机1的剧情战斗中已经感染了不可治愈的孢子病毒，知道自己将不久于世，于是在自尽前留下了生化装给阿卡特兹。
扩展资料：
游戏特色
1、多人游戏
《孤岛危机2》的多人游戏总共包括6种游戏模式，4个默认职业和5个自定义职业，50个级别和12张不同的地图。同样还有12种不同的主要武器，4种次要武器，4种爆破物，22种纳米服模组，并且包括200个狗牌。一张地图可供最多16人同时对战。
2、升级模式
生化装会不断地升级。一旦升至50级，可以“重启”生化装并回到1级获得更多的奖励和解锁装备和狗牌。总共允许重启生化装5次。根据你的游戏风格量身定做一套奖励。可以解锁升级模块，武器等等，不会奖励那些用不到的武器和装备。
参考资料来源：百度百科-孤岛危机2
NNN年后，猴子进化成了人类。一直到20世纪初的时候，有个叫哈格瑞夫的人发现了这个秘密（就是2代里的白发老头。），并且发现当初章鱼留下的那个基地其实就在美国纽约地下。 于是他成立了Crynet公司，开始研究章鱼科技，50年后，因为寿命原因，他利用章鱼科技将自己的身体冰冻，将意识和电脑联接以继续研究与控制公司的运作。终于在100年后研制出了**了章鱼和人类科技的“纳米服”。
纳米服具有半生物半机械的特性。可以大幅度增加装备者的各项能力。且理论上其生物科技可以使纳米服真正的融入人体，修复身体组织，使其不再是一件衣服，而是变成“皮肤，内脏，骨骼”成为人体的一部分。某种意义上来说，就是使人类进化。 他认为只有人类获得这样的进化，才能在将来在章鱼有可能回归的情况下赢得生存空前， 并且哈格瑞夫自己也有私心，希望自己那衰败的身体 可以通过穿上纳米服后得到进化和修复，得以再次活过来。 可惜因为章鱼基地是被封闭的，人类科技无法打开，他得到的技术和样本非常的少，不足以使纳米服达到完美。只有最基本的功能，高端功能虽然预留了接口，但是缺少“硬件”而无法使用。
终于在2023年的时候，太平洋上的灵山岛上突然出现了章鱼的通讯信号，一直没有被发现的章鱼通讯站被激活了，哈格瑞夫第一时间就发现了这个情况。 于是他认为机会和危机同时都到了，机会是，终于可以获得完整的资料来完善纳米服了。 但是同时 通讯站的恢复，也说明章鱼快要回归了。于是他把纳米服支援了美国军方，并让自己的特工（普费）混入了军方探查灵山岛的任务，其目的是为了进入基地取得样本和资料。(接下来就是1代的剧情了，至于朝鲜怎么会有纳米服的，就看游戏公司怎么圆这个故事了，我敢打赌，他们做一代的时候根本就没有考虑到二代的剧情。）
普费在灵山岛进入了章鱼的通讯站后虽然取得了部分样本，但是却感染了章鱼时代的病毒孢子， 其实这种孢子并不是章鱼的生物武器， 就像哥伦布发现新大陆后，首先给本地土著带去的不是贸易，也不是战争，而是剧烈得的疾病一样。 人类的生态从没有接触过这种病毒，所以完全没有抵抗力，也没有产生抗体的的时间。
普费通过章鱼通讯站 和基地之间的链接通道，直接从海底回到了纽约。 回归后的普费去质问哈格瑞夫关于其隐瞒了的病毒的情况（从过场中猜测可能赛可和诺曼也感染了病毒，普费形容为"行尸走肉”。）而哈格瑞夫却以“牺牲是必要的”论点来回应。普费怒而出走。并找到了另一个科学家“古德” 继续对纳米服中的章鱼技术 ，和病毒进行研究，以期找到对抗病毒和章鱼的方法。 不久，纽约地下的基地也开始复苏，全球气候受到能量的异常而变得恶劣。 3年后章鱼人破土而出，同时带出了病毒大规模感染了纽约的人类。也许章鱼认为人类是在自己睡着的时候霸占了家园的垃圾。于是战争爆发。（接2代剧情）
普费因为感染达到极限，将纳米服交给了主角，同时为了断开和纳米服的意识链接而自杀。（其实突变进化了的纳米服已经将普费的思想融入了自己的计算机，在纳米服被进一步完善的过程中被一点一点的激活。）而2代一开始，哈格瑞夫为了复活自己，需要得到普费身上那套进入过章鱼基地被完善过的纳米服，而不停的追杀主角，然后又欺骗主角自投罗网。 在最后全部失败后，大彻大悟。将最后一部分完善纳米服的基因交给了主角，注射基因后，主角成为 反章鱼用人形毒气弹。进入章鱼的设施改变了孢子病毒的基因，使其对人类无害，反而成为章鱼的剧毒。并且释放出来。最终地球上留守的章鱼人没绝了。本回答被提问者采纳