您说的两所学校，新疆大学的软件工程更好些；
如果换做我，成绩刚好选择新疆大学和河南大学这类档次的学校，并且希望读软件工程专业，我会尽量在自己分数够得上的范围内，选择软件工程学科师资力量最强、教育部评估等级最高的填报，所在城市最好是一二线城市，方便读研和就业。
软件工程 - 部分大学档次列表
B 档：郑州大学、浙江工业大学
B - 档：天津理工大学、华北电力大学、燕山大学、浙江师范大学、广西师范大学、重庆邮电大学、西南大学、贵州大学、云南大学 -- 这里面可以优先考虑 211 以及地理位置更好的或者品牌效应更好的，如重庆邮电大学、天津理工大学、燕山大学
C+：新疆大学
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2017年教育部学科评估 - 软件工程（同档次的排名不分先后）
A+
10006 北京航空航天大学
10335 浙江大学
90002 国防科技大学
A
10001 北京大学
10003 清华大学
10269 华东师范大学
10284 南京大学
10486 武汉大学
A-
10056 天津大学
10145 东北大学
10213 哈尔滨工业大学
10247 同济大学
10248 上海交通大学
10285 苏州大学
10358 中国科学技术大学
10610 四川大学
B+
10004 北京交通大学
10005 北京工业大学
10007 北京理工大学
10013 北京邮电大学
10141 大连理工大学
10183 吉林大学
10246 复旦大学
10286 东南大学
10287 南京航空航天大学
10422 山东大学
10561 华南理工大学
10611 重庆大学
10614 电子科技大学
10697 西北大学
10699 西北工业大学
10701 西安电子科技大学
90006 解放军理工大学
B
10002 中国人民大学
10055 南开大学
10217 哈尔滨工程大学
10288 南京理工大学
10293 南京邮电大学
10294 河海大学
10295 江南大学
10337 浙江工业大学
10359 合肥工业大学
10384 厦门大学
10423 中国海洋大学
10459 郑州大学
10491 中国地质大学
10558 中山大学
10698 西安交通大学
90005 解放军信息工程大学
B-
10028 首都师范大学
10060 天津理工大学
10079 华北电力大学
10216 燕山大学
10255 东华大学
10280 上海大学
10345 浙江师范大学
10357 安徽大学
10386 福州大学
10497 武汉理工大学
10602 广西师范大学
10613 西南交通大学
10617 重庆邮电大学
10635 西南大学
10657 贵州大学
10673 云南大学
11258 大连大学
11417 北京联合大学
C+
10058 天津工业大学
10075 河北大学
10108 山西大学
10146 辽宁科技大学
10214 哈尔滨理工大学
10299 江苏大学
10300 南京信息工程大学
10336 杭州电子科技大学
10338 浙江理工大学
10406 南昌航空大学
10593 广西大学
10595 桂林电子科技大学
10621 成都信息工程大学
10755 新疆大学
11845 广东工业大学
C
10009 北方工业大学
10010 北京化工大学
10147 辽宁工程技术大学
10150 大连交通大学
10151 大连海事大学
10186 长春理工大学
10252 上海理工大学
10385 华侨大学
10426 青岛科技大学
10460 河南理工大学
10462 郑州轻工业学院
10488 武汉科技大学
10511 华中师范大学
10530 湘潭大学
10555 南华大学
10615 西南石油大学
10708 陕西科技大学
11065 青岛大学
11664 西安邮电大学
C-
10112 太原理工大学
10126 内蒙古大学
10212 黑龙江大学
10289 江苏科技大学
10290 中国矿业大学
10291 南京工业大学
10327 南京财经大学
10373 淮北师范大学
10394 福建师范大学
10447 聊城大学
10534 湖南科技大学
10596 桂林理工大学
10623 西华大学
10636 四川师范大学
10674 昆明理工大学
10710 长安大学
90039 海军航空工程学院
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再考虑下，应该有比新疆大学软件工程好很多的其他选择；12年寒窗，别辜负自己来之不易的分数，用现有成绩填报最好、最喜欢的、最有实力的专业！
河南大学