战争的胜利不一定全部建立在人数占优上面，历史上以多打少的战役数不胜数，李自成号称百万大军，其人数是否真实暂不去考虑，这百万军队实力究竟如何还有待商榷，被三万清骑碾压主要有一下三点原因。
第一、自然原因：瘟疫的爆发，成也瘟疫，败也瘟疫。在李自成攻进京师之前，京城就已经有瘟疫的迹象。李自成就兵不血刃地占领了京城，逼死了崇祯。李自成进入京城，农民军不可避免地也感染上瘟疫，大量军人死去，使农民军的战斗力大幅下降。新招的人员没有经历过战争的洗礼，自然打不过精锐的清军。不过这也属于不可抗力。
第二、李自成战略上的误判。李自成本是一落魄的农家子弟，生活所迫，起义反抗明朝的腐败。李自成所率领的起义军的成功其实是包含运气因素的，明军大部分精锐正与清军僵持着，无暇顾及农民军，也忽视了农民军的攻势，起义军突破明军防线，拿下北京城。
就在李自成眼看天下大势尽归自己所有，得意忘形，忽视了另一头关外巨兽：“清军”，清军盯着中原这一块大肥肉垂涎已久。此时，李自成周围有四大敌人，清军、南明朝廷、吴三桂集团和张献忠集团。李自成最好的选择就是和其中一个合作，先把自己的位置坐稳。谁知李自成居然选择了逼反吴三桂，结果促成李吴混战，而清军趁虚而入，突破山海关。吴三桂投降清军，李自成灰溜溜地逃回北京，匆忙称帝，然后逃往陕西老家。
第三、农民起义军本身固有存在的劣势，具有很大的革命潜力，却没有担任反封建斗争的能力和确切的指导方针。参与起义的李自成的部队都是当地乡勇，战斗力本身就不足，所以李自成就没有打过硬仗。实战经验匮乏，不能够有效组织民众军队进行反抗，绝大部分起义军真实水平仅仅停留在土匪水平，再多人也是白搭，在正规军的面前，一败涂地是必然的结局。
和李自成自大有关系，他觉得自己推翻了明朝，满清不是威胁。李自成进京缺乏战略眼光，根本就没有注意崛起的满清，忽视了满清对明帝国已经不再是潜在，而是随时致命的威胁。自己内部还没有稳定，便匆匆与大清为敌，毕竟南方还属于南明地盘，而北京也是人心不稳，大顺还没有真正的获得民心。
让谁也没想到的是，拥有推翻大明王朝实力的李自成，却完全抵挡不住清军的攻势。李自成的大顺军和清军相继在直隶、山西等地发生交战，大顺军败多胜少。仅仅过了半年时间，清军已兵临西安城下。在清军的步步紧逼下，李自成决定放弃西安，率领50万大顺军转战湖北、湖南。
不过，清军并没有给李自成任何喘息的机会。在清军的继续追击下，李自成的大顺军在襄阳、九江等地遭遇了十三连败，不但丢失了全部领地，军队士气也低落到了极点。
1645年5月，李自成率军来到湖北九宫山。李自成带着20余名亲信登山探路，结果遭到当地的地主武装突袭，李自成不幸被杀死。李自成死后，大顺政权迅速瓦解，很快就退出了历史舞台。
清军入关时，总兵力也就十万左右，李自成的百万大军为什么会完全抵挡不住呢？有人认为，明末时期满清八旗军的战斗力实在是太强悍，所以李自成虽然有兵力上的优势，但还是屡战屡败。
这种观点并没有错，但却不是关键。当时交战双方都是以冷兵器为主，所以在武器装备方面的差距不至于太过悬殊。俗话说“双拳难敌四手”，八旗军战斗力再强，但毕竟人数少，大顺军在兵力方面完全可以做到碾压对方。
其实，之所以李自成会迅速溃败，根本原因在于大顺军的组织纪律和军队士气出现了严重问题。众所周知，李自成是草莽出身，所以他的部队很多都是各地流寇吸收加入进来的，这些人本身组织纪律就很差。在顺境的时候，让他们“痛打落水狗”是没什么问题。可一旦到了逆境，想指望他们做到绝处逢生，那就比登天还难了。