有鱼的池塘消毒主要是针对鱼群的，可采用以下方法：
硫酸铜溶液消毒。每100公斤水放硫酸铜0.8克，充分搅拌溶解，制成硫酸铜消毒液，然后将鱼种放入溶液中。在温度为10~15℃时浸洗20~30分钟，当温度为15~20℃时则浸洗15~20分钟，可有效防治细菌性烂鳃病、赤皮病、隐鞭虫、口丝虫、车轮虫、斜管虫、毛管虫等多种鱼病。
漂白粉溶液消毒。每100公斤水加入1克漂白粉，充分搅拌均匀，制成漂白粉消毒溶液后，将鱼种放入消毒液中。温度为10~15℃时浸洗20~30分钟，温度为15~20℃时浸洗15~20分钟，可有效防治隐鞭虫、口丝虫、毛管虫、斜管虫、车轮虫等鱼病。
高锰酸钾溶液消毒。每100公斤水加入高锰酸钾2克，充分搅拌溶解制成高锰酸钾消毒液后，把鱼种放入消毒液中。温度为10~20℃时浸洗20~30分钟，温度为20~25℃时浸洗15~20分钟，可有效防治三代虫、指环虫、车轮虫、斜管虫等病；如浸洗时间延长至2~2.5小时，还能防治锚头鳋、烂鳃等病。
敌百虫溶液消毒。每20~25公斤水加入90%（晶体）敌百虫50克，反复搅拌均匀制成敌百虫消毒溶液后，将鱼种放入消毒液中浸洗5~15分钟，可有效防治烂鳃病，赤皮病、胸炎和其他多种寄生虫病。
食盐水消毒。每100公斤水加入食盐3~4公斤，充分搅拌均匀，制成食盐水消毒液后，将鱼种缓缓放入消毒液中，浸洗5~6分钟，可有效防治水霉病、赤皮病、口丝虫、毛管虫等鱼病。