本科毕业才有学士学位，这是最根本的原因，二本也好三本也罢，只要是本科，你毕业就是学士。而专科毕业没有学位的。就日语学习来说，专科的划分会比较细，像什么商务日语，旅游日语，指向性很强，强调“专”。本科直接就是日语系，不分那么细。毕竟专科是专才教育，本科是通才教育。不过我的观察来看语言这回事一通百通，无所谓专不专，只要你用心学，就能从整体上能掌握好日语，所以专本来看，很难说专科学的就不如本科好。
其实你的考量也不无道理，日语是应用性很强的专业，如果只是3本的话将来在就业上未必比专科好多少。毕竟日语和管理，中文之类的专业不同，中文，管理这类专业的特征是无法在面试中考察水平，这种专业企业在用人时多半只看学校好坏，所以如果是这种专业，毫无疑问上专科是绝对比不上本科的。但日语不同，面试时面试官直接就可以让你说一段来检测你的水平，如果你的水平高于一起面试的本科生，别人就会考虑你。所以取专科弃3本未必是错的。
但话要说回来，看你家庭经济状况如何。如果家里比较宽裕，还是最好上本科：
1，本科学校师资力量比较强。
2，本科毕业可以直接考研。专科毕业要工作2年后才准考，而且很难被录取。
3，虽然那么说，但是社会上始终是重本轻专，专科生综合看来是没有本科生发展前景好的。
4，很多企业在待遇方面度根据学历划分，学士，硕士，博士都有不同，专科生在这方面极其吃亏，连学位都没有。
5，本科毕业出路的选择多，考研，公务员，留校，出国，选择的余地比专科多太多了，这一点是最重要的。专科生考研超难，公务员可选职位极少，留校的可能性超低，出国就更别提了。
综合以上原因，所以虽然日语这个专业更看重实力而非学历，但能上的话还是能上本科更好，虽然3本的学费比专科贵得多。
就业方面，总体上看还是本科生占优势的，毕竟同等日语水平条件下本科生与专科生相比企业肯定更爱用本科生，这已经是社会常识了。除非你的水平比本科生确实高的太多，才有压倒他的可能性。而且如果是私企，可能不在乎学历，但想进国企，一般都是本科为起点，专科直接PASS掉，机会都没有的。
说到学校的选择，北方大学日语系的实力明显是在南方之上的，尤其是山东和东北的大学的日语系的水平在中国很高，比如说大连外国语学院的日语系，太强了。华南的话多考虑广东的大学比较好一点。
以上纯手打，很多都是经验之谈，忘LZ采纳。
追问谢谢你的回答，你的回答让我很有感触。在这里我还想问一些问题。
我是理科生，在我学的所有科目里英语是偏科的了（我学的科目里只有英语差！）
请问英语差的话学日语成问题吗？（大连外国语学院其实我一开始就看上了，但家里人希望我近一些）大连外国语学院还是个2本吧？您能不能说一下3本较好的学日语的学校呢？
您是学日语或是日语的教育人士吗？还有学日语专业要进行的外语口试是怎么一回事？我还没学日语那。
追答英语差不代表学不好日语，而且特别值得一提的日本人的英语口语的水平在全世界都算是很差的，所以这一点不必介意。由于我本人并非教育界人士，所以3本较好的学校方面就不太清楚了，建议你尽量挑经济较发达的地区（上海，广州......或者省会级城市）的学校，毕竟经济发达地区的教育资源往往也更发达，这些地区的办学水平和师资力量也比较有保证，尤其是一些名校的下属院校（一般名为“某某大学某某学院”，即一本大学下属的三本学院），往往可以和这些名校的学生共享一些资源。至于外语口试的问题，一般新生进校都会进行例行的英语水平测试，然后根据你的水平来决定你大学四年的英语课的分班情况，所有大学都有这个流程，但和专业课（日语）没有关系。所以不会检测你的日语水平，毕竟都是普通的高中毕业生，大家都没有任何日语基础，检测又有何意义？