和尚念经的时候手上拿一串珠子叫持珠，多用来记录念诵佛号或咒语的数目。佛教经典中说：若善男子、善女人，有能诵念诸陀罗尼及佛名者，为欲自利及护他人……若欲愿生诸佛净土者，应当依法受持此珠。
这就说明，持用佛珠就是藉以约束身心、帮助修行、消除妄念，待日久功深，便能增加智慧，利己护人，同时还会获得无量的功德。
一串标准的佛珠应该包括母珠、子珠、隔珠(又称作“数取”)、弟子珠(又称作“记子”)、记子留和一些饰物组成。
母珠，俗称“三通”或“佛头”，通常只有一颗，但亦有两颗的，用以将不同数目的子珠归结于一处，同时还可以起到连接弟子珠、记子留和一些饰物的作用。旧时的母珠，多会在内部绘有佛像，采用凸透镜的原理，可以清晰地观察到里面的佛像，更加使人感受到佛珠作为一种法具的庄严。
隔珠，又称作“间隔珠”或“数取”，多用来将子珠平均分隔开。一般来讲，隔珠均要比子珠稍大一些，数量可采用一颗至三颗不等。如一百零八颗的佛珠和五十四颗的佛珠，就需要每二十七颗子珠用一隔珠；二十七颗、十八颗的佛珠，则每九颗子珠用一隔珠。
弟子珠的体积比子珠要小一些，一般以十颗或二十颗居多，多串在母珠的另一端，以十颗为一小串，如同算盘一样，采用十进位，用来计算掐捻过的数目。“十”这个数目代表了佛教的“十波罗蜜”，即：施、戒、忍、精进、禅定、般若、方便、愿、力、智。[6]
记子留是指每串弟子珠的末端所附的比弟子珠稍大一些的珠粒或者饰物，也可以用线绳结成“中国结”来替代，目的是为了防止弟子珠的滑落。
持珠的姿势，亦可分为二种，单手持珠与双手持。单手持珠，大多用于站立、经行的时候；而双手持珠则是打坐时经常采用的姿势。其方法是将佛珠置于两手之间，呈交叉状，把母珠放在一侧，掐捻一周，回至原处即可。其实，根据《佛像图鉴》一书记载，历来大德高僧手持佛珠的姿势皆无定法，左手、右手、单手、双手、提高、垂下、平胸、齐膝，各种动作都有，但求其“方便”而已，所以我们也就不必强求特定的持珠方法了。
在持珠的过程中，经常有人会遇到要不要跨过“佛头”(母珠)这类问题。因为在经典中曾有：
珠表菩萨之胜果，于中间绝为断漏。
绳线贯串表观音，母珠以表无量寿。
慎莫蓦过越法罪，皆由念珠积功德。
经有记载，故而才有此一说。假如念诵者，纯以佛珠作为记数的工具，则不必把母珠和隔珠计算在内，念诵时轻轻捻过便是。如是念诵的人，除了把佛珠当作精进、记数的工具外，还希望藉着它来体悟更多佛理的话，当手捏到隔珠的时候，可用“佛、法、僧”三宝，或“戒、定、慧”三学来观想，当手掐到母珠的时候，也同样可以观想佛的相好光明，同时再逆时针朝相反方向捏念，即可解决此类问题了。
佛珠除了拿在手中起念诵记数的作用以外，还可以挂在颈部充当挂珠，或缠绕在手臂上起到佩珠的作用，这些都是具有深刻含义的：
二手持珠当心上，静虑离念心专注，
本尊瑜伽心一境，皆得成就理事法。
设安顶髻或挂身，或安颈上及安臂，
所说言论成念诵，以此念诵净三业。
由安顶髻净无间，由带颈上净四重，
手持臂上除众罪，能令行人速清净。
若修真言陀罗尼，念诸如来菩萨名，
当获无量胜功德，所求胜愿皆成就。
再者，密教中由于三部(胎藏界)、五部(金刚界)修法之不同，对于佛珠也有着特殊的要求，与平时常用的佛珠相比，是有所不同的。据《苏悉地羯罗经》说：“佛部用菩提子珠，观音部用莲花子珠，金刚部用噜椰罗叉子珠。”又据《守护经》及《瑜伽念珠经》说：“佛部用菩提子珠，金刚部用金刚子珠，宝部用金等诸宝珠，莲花部用莲花子珠，羯磨部用种种和合珠。”又近人金安一居士所著《密宗辑要》一文说：“修增法用琥珀珠，修息法用水晶珠，修坏法及长寿法用珊瑚珠，修诛法用人头骨珠，修观音法用菩提子珠，修一切法均可用凤眼菩提子珠。”
另外，密教的经典对掐捻佛珠的指法也有详细规定。从五部而言，《摄真实经》中记载：佛部以右手拇指与食指掐之，金刚部以右手拇指与中指，宝部以右手拇指与无名指，莲花部以右手拇指与小指，羯磨部以右手拇指与其余四指合捻之。从三部而言，《苏悉地经》中记载：佛部以右手拇指与其余四指的指尖相合，中指与小指直立，食指略屈附于中指中节以掐之；莲花部以拇指与中指指尖相合，舒展其余三指而掐之；金刚部以拇指与食指指尖相合，舒展其余三指而掐之。
参考资料：http://baike.baidu.com/view/34482.htm