1995年，澳大利亚科学家首次提出了人类蛋白质组学的概念，这一科学领域的探讨拉开了序幕。
紧随其后，1998年，中国开始了蛋白质组研究的酝酿与启动，预示着中国在这个领域的重要地位。
2001年2月，国际人类蛋白质组组织（HUPO）正式成立，标志着全球对这一研究的集体协作正式展开。
同年11月，中欧双边蛋白质组学研讨会在历史上留下了重要的一笔，加强了国际合作的交流与合作。
2002年，活动进一步升级，HUPO与军事医学科学院共同主办了“肝脏蛋白质组国际研讨会”，探讨了肝脏这一关键器官的蛋白质组研究。
11月，首届蛋白质组国际大会在法国凡尔赛召开，标志着全球蛋白质组研究进入了一个新的阶段。
2003年，中国在这一领域取得了重大突破。10月24日，中国人类蛋白质组组织(CNHUPO)和中国蛋白质组学专业学术委员会相继成立，中国科学家开始引领全球“蛋白质组计划”。
同年11月，美国研究人员绘出了果蝇蛋白质相互作用图，为理解蛋白质网络提供了重要参考。
12月16日，国际人类蛋白质组计划正式启动，中国的贡献和科学家们的努力被全球瞩目。
2004年，第三届国际人类蛋白质组大会在北京盛大召开，会上透露，人类肝脏蛋白质组的关键数据如两谱三图三库，计划在2010年全面完成。
2005年，北京蛋白质组研究中心在中关村生命科学园正式成立，为中国蛋白质组研究提供了坚实的基础。
同年，北京蛋白质组研究中心被正式确立为国际总部，进一步增强了中国在国际蛋白质组学领域的影响力。
2007年8月22日，我国科学家实现了重大突破，成功测定出6788个高可信度的中国成人肝脏蛋白质，构建了世界上第一张人类器官蛋白质组的“蓝图”，这一成就在全球范围内产生了深远影响。
国际人类蛋白质组计划（HPP）是继国际人类基因组计划之后的又一项大规模的国际性科技工程。首批行动计划包括由中国科学家牵头的“人类肝脏蛋白质组计划”和美国科学家牵头的“人类血浆蛋白质组计划”。“人类肝脏蛋白质组计划”的总部设在中国首都北京，这是中国科学家第一次领导执行重大国际科技协作计划。