湖北省宜昌市第二人民医院设有多个临床科室，包括内科（内分泌科、呼吸内科）、心内科、肾内科、ICU（重症监护病房）、儿科、消化内科、风湿免疫内科、老年病科、中医科、妇产中心、外科（泌尿外科、骨外一.神外）、五官科、急诊科、肿瘤外科、皮肤科、胸外科以及医技科室如麻醉科和放射科。
内分泌科成立于2009年，拥有20张病床，专注于糖尿病管理，科研成果显著，科室发展迅速，患者满意度高。呼吸内科历史悠久，技术全面，学术水平高，为患者提供高质量医疗服务。心内科作为重点专科，快速发展，承担着心血管疾病诊疗和教学任务。肾内科从早期发展到如今与多家知名医院合作，专业技术日益精进。ICU是医院的急救中心，配备先进设备，危重病救治成功率高。
儿科设施齐全，有专门的新生儿护理区，提供高效治疗设备。消化内科和风湿免疫内科则是集医、教、研于一体的科室，注重科研成果和病人服务。老年病科是市级重点专科，注重老年病人的全方位护理。中医科以传统中医理论结合现代医学，治疗多种疾病。妇产中心设备先进，提供全面的妇科和产科服务。外科部门，如泌尿外科和骨外一.神外，均具有特色和影响力。
五官科配备高端设备，专注于耳鼻喉和皮肤疾病。急诊科由经验丰富的徐内卫主任医师领导，提供全面的急救服务。肿瘤外科有专业的医疗团队和特色技术。皮肤科与武汉协和医院合作，诊疗技术领先。胸外科开展微创手术，处理各种胸部疾病。医技科室如麻醉科和放射科，技术力量强大，设备先进。
宜昌市第二人民医院，是三峡区域唯一以肿瘤专业为特色的大型综合性医院。医院经过近40年的辛勤建设，初步形成了鄂西南肿瘤防治中心的格局。中国医学科学院肿瘤医院定期派出专家组来院坐诊、查房、讲课、手术示教。医院科研成果获国内领先水平6项，国内先进水平9项，并有4项成果获宜昌市科委“科技进步奖”、3项获“科技创新奖”，引进X刀等130项“三新”项目在临床运用，拥有1项湖北省省级、5项宜昌市市级科研计划项目获得立项并实施。