首先，阶级层面不同
“武士”，最初被称作“侍”，是大名、公家（也就是上层统治者）身边的侍从人员，他们剑术娴熟，主要担任大名或公家的保卫工作，也就是相当于保镖、马仔。但是随着大名间的冲突加剧，各种程度的纷争甚至战争愈演愈烈，武士作为大名身边的作战人员自然成为战争中军队基层的支柱成分，说白了就是军队里的普通军官。武士也是分阶层的，上级的武士可以得到封地、成为大名，而中级的成为军队中的各级指挥官，下级的也就当当足轻头（各级队长）了。
忍者嘛，最近因为各种动漫、影视作品的渲染而被过分夸张了。忍者出现、活跃于战国时代，最初大量使用忍者的应该是甲、相地区的武田、北条等大名。忍者实际上是一种特殊的间谍，他们的真实形象根本不是动漫里描绘的那样又帅有夸张，实际上那种花里胡哨的打扮正犯了忍者的大忌，实际上忍者的任务是对敌方进行侦察、渗透、谣言、混乱、甚至刺杀敌方政要，所以，忍者都是出自农民或者野武士（其实就是山贼），他们熟悉盘踞地的地形，对当地的情况了若执掌，再加上常年的特殊训练，使他们在各种地形上的行动能力都远超过一般人。忍者的各种“忍术”并没有那么夸张，什么分身、影遁之类的纯属夸张，真正的忍术实际上是忍者们在一次次执行任务的过程中所积累的各种潜入、遁逃以及迷惑敌人的战术而已。忍者的身份十分地位，甚至某些情况下还不如平民，属于下级的情报人员。忍者从内部分为三级，上忍：忍者集团的上层领导者，领导整个忍者集团的战略方向；中忍：忍者集团的指挥官一级人物，负责任务的分配和人员的调配等；下忍：最底层的忍者，从事最基层的工作，也就是喽啰级的。著名的忍者世家很多，比如伊贺上忍三家的百地、藤林、服部，透波的风魔等等
参考资料：http://zhidao.baidu.com/question/7540441.html