root后容易被木马病毒侵入、软件错删系统文件导致系统错误、用户隐私有被泄露风险、影响手机享受售后服务。
手机获取root后，自身系统就会产生难以避免的空隙，此时，木马病毒就会利用root权限的空隙攻击系统，让用户的手机收到安全威胁。
手机root权限对系统文件有着最高级别的操作权限，可以对系统所有文件执行删除、替换等。在使用过程中，用户为了更好的管理手机往往会对一些管理软件进行root授权，此时就可能因为被授权软件错删系统软件导致系统错误。
软件被用户进行root授权候，软件可以如获取手机号、获取位置、发送短信等操作。当然对于正规的管理及手机防护软件来说，进行root授权是正常的。但是一旦错误授权给非正规软件，此时就会有较大的风险了。
所有手机厂商为维护厂商利益，都会进行规定手机私自拆机或系统被root后，无法享受三包期内的无偿售后服务。
root是一种存在于UNIX系统（如AIX、BSD等）和类UNIX系统（如大名鼎鼎的Linux，比如稳定到服务器都在用的Debian、适合长期作业成熟老道的Redhat、比较流行的Ubuntu和archlinux等Linux发行版以及Android系统）中的唯一的超级用户，其相当于Windows系统中的SYSTEM(XP及以下)/TrustedInstaller(Vista及以上)用户。其具有系统中所有的权限，如启动或停止一个进程，删除或增加用户，增加或者禁用硬件等等。