2月16日，中国机构编制网发布了《中共中央办公厅 国务院办公厅关于调整国家卫生健康委员会职能配置、内设机构和人员编制的通知》，宣布将国家卫健委下设的医政医管局更名为医政司，卫生应急办公室（突发公共卫生事件应急指挥中心）更名为医疗应急司，同时撤销疾病预防控制局、综合监督局。
同日，《国家疾病预防控制局职能配置、内设机构和人员编制规定》（下称国家疾控局“三定方案”）发布。
国家疾控局于2021年5月13日正式挂牌成立，“1正4副”的领导班子已于同年6月10日全部确定。如今，“三定方案”正式出炉。
传染病防控和应急处置将成核心职能
国家疾控局“三定方案”显示，国家疾控局是国家卫健委管理的国家局，为副部级。
国家疾控局下设10个内设机构，均为副司局级。分别是综合司，规划财务与法规司，监测预警司，应急处置司，传染病防控司，卫生与免疫规划司，承担医疗机构疾病预防控制监督工作的综合监督一司，承担公共卫生监督工作的综合监督二司，科技教育与国际合作司（港澳台办公室）以及机关党委（人事司）。
国家疾控局机关行政编制170名。设局长1名、副局长4名，正副司长职数32名（含机关党委专职副书记1名、机关纪委领导职数1名）。
2021年4月28日，人社部发布国务院任免国家工作人员的通告，任命王贺胜为国家疾病预防控制局局长，常继乐、沈洪兵、孙阳为国家疾病预防控制局副局长。同年6月10日，卢江任国家疾控局副局长。
王贺胜为国家卫健委副主任、党组成员。负责疾病预防控制等方面工作。分管国家疾病预防控制局、中国疾病预防控制中心，联系中华预防医学会。新冠肺炎疫情出现后，他曾于2020年2月至7月间担任湖北省委常委、省卫生健康委员会党组书记、主任。
常继乐为原国家卫健委疾控局局长。沈洪兵为中国工程院院士，此前长期在南京医科大学担任校长，于2021年7月卸任该校校长一职。孙阳曾任国家卫健委卫生应急办公室主任、中日医院院长。卢江曾任中国疾控中心党委书记、副主任。
2022年初，沈洪兵在《中华流行病学杂志》上刊发了《新型冠状病毒肺炎疫情后我国疾控机构改革发展需要思考的几个问题》一文，其中明确指出，传染病防控和应急处置将成为国家疾控局和各级疾控机构的核心职能。
沈洪兵表示，围绕这一核心职能，疾病预防控制机构需要进一步强化监测预警、风险评估、流行病学调查、检验检测、应急处置和监督监管等主要职能，初步建立能有效应对重大传染病及突发公共卫生事件、服务支撑健康中国建设、基本满足国家公共安全需要的责权清晰、功能完善、运转高效、协同联动、保障有力的疾病预防控制体系。