一、定义不同
1、微生物菌剂：是指目标微生物（有效菌）经过工业化生产扩繁后，利用多孔的物质吸附菌体的发酵液加工制成的活菌制剂。
2、有机肥：是指主要来源于植物和（或）动物，施入土壤中起到的主要作用是为植物提供营养的含碳物料。
二、特点不同
1、微生物菌剂：本身是微生物的载体，不含养分，使用后通过微生物的生理代谢活动促进土壤中的有机肥、化肥、矿物质养分的释放。
2、有机肥：本身含有大量的有益物质，比如氮元素、磷元素、钾元素、有机酸、肽类等。
三、用法不同
1、微生物菌剂：多作底肥、种肥、追肥使用。
2、有机肥：肥效期长，多作基肥使用。
微生物菌剂与有机肥的区别
四、作用不同
1、微生物菌剂：可提高作物抗性，改善作物品质，抑制土壤中的有害菌的滋生，调节土壤的理化性质。
2、有机肥：可增加土壤中的有机质含量，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，为作物提供全面的营养。
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