清领台湾后，行政建置的一府三县，都集中于西部和南部，而北部和东部却无建置设官。这与康熙末年闽粤移民大量迁台，北部、中部土地大辟的状况，已很不适应。特别是土番居住的广大山区，汉番往来日多，而朝廷中有的官员竟提出将山区列为弃土，更属不智之毕。蓝鼎元以一个学者的严肃治学态度，提出了中肯的意见。他说：台湾海外天险，较内地更不可缓，因此日之台湾，较十年二十年以前，又更不可缓。前此台湾仅府洽百余里，凤山、诸罗皆毒恶瘴地，令其邑者尚不敢至。今则南尽琅桥，比穷淡水，鹦笼以上千五百里，人民趋之若鹜矣。前此大山之麓，人莫敢近，以为野番嗜杀。今则群人深山，杂耕番地，虽杀不畏。甚至傀儡、内地、哈仔难、崇爻、卑南觅等社，亦有汉人敢至其地，与之贸易。生聚日繁，渐开渐远，虽屡禁不能使止也。”并提出增设县制的设想：北路地方辽阔，自昔空虚，分诸罗县地为二，在半线以上另置一县，拟名彰化；淡水地势重要，人口日增，置淡水厅。蓝鼎元呼吁台湾山地万万不可抛弃，特别强调山地之重要。他说：台湾山高土肥，最利垦辟，利之所在，人所必趋。不归之民，则归之番与贼。即使内乱不生，冠自外来，将有日本、荷兰之患，不可不早为措置。蓝鼎元的意见，多被朝廷采纳；有关置县的设想及文武官员驻扎、营汛布防、哨船挨班等建议，一一得以实现；关于不能废弃山地的呼吁，也为朝廷大官要员所接受。
康熙四十一年（一七零二），清政府对移民实行禁止携眷赴台的政策，造成台湾男多女少，青壮年成家难，影响开拓的严重社会问题，蓝鼎元对此给予极大关注。在《论台湾事宜书》、《东征集》中，他列举了移民皆丁壮力农，无妻室，无老耆幼稚，一庄有家室者百不得一等大量严酷事实，建议：欲赴台耕种者必带有眷口，方许给照载渡，编甲安插。台民有家属在内地，愿搬取波台完聚者，许县呈给照赴内地搬取，文武汛口不得留难。雍正九年（一七三一），清政府实行凭照携眷入台政策，就是出自蓝鼎元等官员的建议。蓝鼎元著述颇多，主要有《鹿洲初集》、《女学》、《东征集》、《平台纪略》、《鹿洲公案》（又名《蓝公案》、《蓝公奇案》）等，并参加编修《大清一统志》。《东征集》六卷是他为蓝廷珍拟写的公檄、书禀、条陈、告谕的辑成。
