一、备案施工合同和实际合同不相同，按哪个标准结算?
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(一)》第二条招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。
二、备案施工合同的相关法律
依据《招投标法》
第四十六条规定，“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议”。
《中华人民共和国招标投标法》第二条规定，“在中华人民共和国境内进行招标投标活动，适用本法”。即虽然不是必须招投标的工程项目，但是，当事人进行了招投标，就适用招投标法，受招投标法的规范和调整。
《招投标法》第五条“招标投标活动应当遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则”。自行招标或者议标，无法保证公开、公平、公证。
必须招投标的工程项目，没有经过招投标就签订了施工合同，有的承包人已经进场施工，因无法办理施工许可证和开工证，又补办了招投标手续，仍然以前一个合同的承包人中标，签订了施工合同，进行备案的，前、后两份合同均无效。应当按照实际履行的前合同进行结算。
《最高法院关于建设合同纠纷案件问题的解释(一)》第2条规定：招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。处理。
因此如果是进行招投标程序后进行的备案的工程项目，根据《招投标法》第四十六条规定双方签订了投标合同后就不能订立其他的合同，那么其他合同是不被法律所支持的，还有《中华人民共和国招标投标法》第二条规定，只要进行招投标的就适用招投标法的约束。