牡丹和芍药都是毛茛科芍药属花卉，两者在叶片、花色及植株外形上有许多相似之处，主要区别如下：
（1）叶片。牡丹的叶片宽大，叶互生，正面为绿色并略带黄色，无毛，背面有白粉；芍药的叶子狭长而质薄，在近花处为单叶，叶片正反两面均为浓绿色，且叶片较密。
（2）花朵着生位置和花期。牡丹的花朵都是单朵花生在花枝顶端；芍药的花单生枝顶或生于叶腋。牡丹花径一般为20厘米左右，有的达30厘米以上；芍药的花径一般为12～15厘米。牡丹花比芍药花先开半个月左右，故花谚有“谷雨（4月中下旬）三朝看牡丹，立夏（5月上中旬）三朝看芍药”之说。
（3）茎枝。牡丹为落叶灌木，茎是木质的，枝粗壮而繁多；芍药为宿根草本，茎为革质。