盐城协和医院拥有多个主要科室，以提供全面的医疗服务。大内科设有心血管内科、消化内科和普通内科，由享有政府特殊津贴的秦洪棣主任专家坐诊，擅长心血管疾病如高血压、冠心病等的治疗和急救。大外科包括胸外、普外和泌尿外科，医疗技术先进，沈雅良主任和练镜芙主任等资深专家亲自主刀，涵盖各类手术，如肺癌、甲状腺手术等，小切口微创胆囊切除经验丰富。
妇科作为综合性妇科机构，配备国际先进的设备，如盆腔治疗仪、凝固刀等，致力于诊治妇科疑难杂症，如妇科炎症、内分泌失调等，提供无痛人流等手术服务。男科引进北京、上海的医疗技术，形成了一套立体介入疗法，治疗包皮、前列腺炎等男性疾病，不孕不育科与国内外知名专家合作，采用世界卫生组织认可的诊疗标准，解决不孕不育问题。
肛肠科是北京中日友好医院的协作医院，采用安氏疗法和美国PPH微创技术，提供安全、无痛的治疗。肝病科是上海市肝病研究中心基地，擅长治疗肝炎、肝硬化等，采用先进疗法如“四步定向盘绕疗法”。口腔科提供综合的口腔服务，包括正畸、修复和洁牙等。耳鼻咽喉科依托上海长海医院技术，采用低温等离子消融和“三位立体”疗法，治疗各类耳鼻喉疾病，痛苦小、效果佳。
盐城协和医院系第二军医大学上海长海医院合作单位，上海市肝病研究中心临床基地，市直、盐都、亭湖医疗保险定点单位，农村合作医疗定点单位。盐城协和医院是一所具有星级宾馆服务水准的现代化医院。医院投入巨资配备了国内外先进的诊疗设备和设施，如美国LEEP刀、彩色多普勒诊断仪、全自动生化仪、全功能麻醉机、遥控X光机、数字X线成像系统、内窥镜影像诊断治疗系统等。设有中央空调、电梯、豪华套间病房、VIP病房、标准间病房及普通病房。