厦门市位于东经118°04'04，北纬24°26'46附近，在中国东南沿海，福建省南部，与漳州、泉州相连，地处闽南金三角中部。
厦门市由厦门岛、鼓浪屿及其众多小岛屿和同安、集美、海沧、翔安等组成，陆地面积有1699.39平方千米，海域面积有300多平方千米。其中厦门岛面积约为132.5平方千米，是福建省的第四大岛屿，全岛海岸线约为234千米。
厦门市地处中国东南沿海——福建省东南部、九龙江入海处，背靠漳州、泉州平原，濒临台湾海峡，整个海岸线蜿蜒曲折，全长234公里，港阔水深，终年不冻，是条件优越海峡性的天然良港，有史以来就是中国东南沿海对外贸易的重要口岸。厦门港拥有多个港区和生产性泊位，已跻身国内大型一类港、世界集装箱大港17强之列 。 厦门地形以滨海平原、台地和丘陵为主。厦门地势由西北向东南倾斜，地势地貌构成类型多样，有中山、低山、高丘、低丘、台地、平原、滩涂等。西北部多中低山，其中位于同安与安溪交界处的云顶山海拔1175.2米，为全市最高的山峰。从西北往东南，依次分布着高丘、低丘、阶地、海积平原和滩涂，南面是厦门岛和鼓浪屿。云顶山为厦门市最高峰，云顶岩为厦门岛最高峰，日光岩为鼓浪屿最高峰。
厦门海域包括厦门港、外港区、马銮湾、同安湾、九龙江河口区和东侧水道。厦门港外有大金门、小金门、大担、二担等岛屿横列，内有厦门岛、鼓浪屿等岛屿屏障，是天然的避风良港，其海岸线蜿蜒曲折，全长234公里，其中12米以上深水岸线约43公里，适宜建港的深水岸线约27公里。港区外岛屿星罗棋布，港区内群山四周环抱，港阔水深，终年不冻，是条件优越的海峡性天然良港，历史上就是中国东南沿海对外贸易的重要口岸。
厦门虽位于中国南方湿润地区，但水资源条件仍然较差，全市多年平均降雨量1143.5毫米，多年平均水资源总量12.35亿立方米，人均水资源占有量890立方米，为中国人均占有量的38%，低于国际公认人均水资源警戒线1700立方米。
2005年，全市共有水利工程2.3万处，小型以上水库108座，总库容量2.57亿立方米，全市地表水资源量15.89亿立方米，地下水资源量2.64亿立方米，水资源总量16.17亿立方米，人均水资源占有量1055立方米。全市年供水总量6.1699亿立方米（不含海水供应量），其中农业用水量所占比例最高，占44.3%。 大田作物：粮食以水稻为主，其次是甘薯和大豆，油料作物以花生为主，蔬菜有叶菜类、瓜类、根茎类、茄果类、葱蒜类、菜用豆类、水生菜类、其他蔬菜等8大类。花卉主要有鲜切花、盆栽植物和绿化苗木。 果树资源：厦门果树品种繁多，有热带、亚热带、温带果树8大类，主要有52个品种，其中龙眼种植面积最大，其次为荔枝、香蕉、柑桔等杂果。2005年，全市有水果总面积12844.2公顷，总产量36404吨，其中龙眼的面积与产量分别占总量的84.2%和57.3%。 林业资源：2005年，全市林业用地66230.6公顷，占土地总面积42.2%，林地面积57501.2公顷。 畜禽资源：畜禽产业的发展已改变了传统的生产模式，是以工厂化、集约化方式来生产，年产值占农业总产值的29.2%。饲养品种以生猪和禽类为主，基本实现良种化，主要有猪、牛、羊、鸡、鸭、鹅、鸽、兔、狗、鹿、鹧鸪、孔雀、驼鸟等40多个品种。 渔业资源：厦门海域终年水温较高，阳光充足，营养盐较丰富，生产力水平较高，生物量大，共记录各类海洋生物近2000种，其中有较高经济价值的60多种，现作为海水养殖对象有20多种，主要是牡蛎、缢蛏、花蛤、文蛤、泥蚶、对虾、锯缘青蟹、梭子蟹、紫菜、真鲷、鲈鱼、牙鲆、卵形鲳参等。 为保护当地的文昌鱼、白鹭和中华白海豚等珍稀物种，厦门市设有面积33088公顷的厦门珍稀海洋物种国家级自然保护区。
