中山大学名下有两所独立学院，分别是中山大学南方学院，中山大学新华学院。
中山大学南方学院是依据教育部教发20038号文件《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》，由中山大学申请，经广东省教育厅、教育部专家组评审通过，报教育部批准（教发函200687号）创办的独立学院性质的全日制普通高等学校。教育部批准的院校代码为：12619。
中山大学新华学院（院校代码：13902）是中山大学依据广东省教育厅教发〔2003〕8号文的精神与广东东宝集团合作，经国家教育部批准设立的一所涵盖文、理、医、工、经、管、法、艺等多科性应用型开放式的全日制普通高等院校。 中山大学新华学院借鉴正校学校中山大学的优良办学传统和理念，十年来，办学水平不断提升，规模不断壮大，已成为一所横跨穗莞两市的万人高校，在全省乃至全国都占据重要一席。未来，学院将立足广东，面向全国，放眼世界，力争办成位居全国同类独立学院前列的应用型、开放性、多科性的学院。
独立学院的毕业证书与中山大学的证书不一样，不是以中山大学落款颁发。